piątek, 21 grudnia 2012

Idą święta...

... a wraz z nimi czas wolny. Można go spędzić mniej (pierwsze z dzisiejszych propozycji) lub bardziej produktywnie.

Propozycja pierwsza: Pandemic 2 Co prawda Majowie lekko się machnęli co do końca świata, ale jeśli chcemy, możemy sobie go sami zmajstrować. Grę stworzyli prawdopodobnie sfrustrowani mikrobiolodzy, grając można się dowiedzieć między innymi, że rządy państw potrafią zamknąć lotniska i porty na wieść o wirusie, który nie daje żadnych objawów i którego nosicielami jest raptem tysiąc osób w Rosji (gdyby tak było naprawdę, wirus EBV sparaliżowałby cały świat...), a najbezpieczniejszym w przypadku epidemii państwem jest Madagaskar (grając kilka razy można naprawdę znienawidzić tę wyspę...). Pomimo tych dziwactw, grę da się wykończyć ukończyć.

Mouse Party  to raczej coś w temacie Sylwestra*. W sumie dużo do roboty tu nie mamy, możemy natomiast dowiedzieć się, w jaki sposób alkohol/narkotyki wpływają na pracę mózgu. Coś w sam raz dla neurobiologów-wzrokowców.

I na koniec coś dla pracoholików, którzy nawet świąt (jakichkolwiek) nie mogą przeżyć bez wnoszenia wkładu w naukę - Foldit. Twórcami była grupa naukowców zajmujących się fałdowaniem białek, którzy doszli do wniosku, że zamiast samemu myśleć nad wszelkimi możliwymi sposobami zwinięcia się, warto nadać temu atrakcyjną wizualnie formę, dodać licznik punktów (im wyższa punktacja, tym mniej ułożone przez nas białko łamie prawa fizyki), wrzucić do internetu i czekać, aż ktoś zrobi to za nich. Na początek mamy 32 poziomy tutoriala, choć już po 21 możemy przejść do badania prawdziwych białek, choć o znanej już sekwencji.





Wyższa szkoła jazdy zaczyna się, gdy użytkownik dostaje "do zrobienia" białka o nieznanej jeszcze strukturze - są one dostępne przez jakiś czas, a potem najlepiej punktowana propozycja jest sprawdzana krystalograficznie. Co ciekawe, jedne z lepszych wyników uzyskują nastolatki - niektóre zostały nawet współautorami prac naukowych Zresztą, prawo Murphy'ego głosi: "cokolwiek robisz, gdzieś na świecie jest dwunastoletni Azjata, który robi to lepiej od ciebie"...
 (młody zaczął grać na gitarze mniej więcej w tym roku co ja)



* Odradzam jednak świętowanie go w podobny sposób.

sobota, 15 grudnia 2012

Kup mi tipsy, zrobię ci pracę

Podczas cowieczornego sprawdzania, czy pod moją nieobecność internet się nie zawalił, trafiłem na fejsie na następujący wpis:





Admin fanpejdża, sądząc po planach zmiany nazwy na "gardzę korwinistami i Palikotem", liczył zapewne na wywołanie u czytelników oburzenia w stylu "obcy kapitał przejmie naszą naukę", względnie potraktowanie tego jako lolcontentu (na co dzień jest łatwiej, z Korwinem mam kontakt głównie przez felietony w Angorze, lolcontent sam w sobie). Jednak kilka osób skomentowało całą sprawę dość ciekawie:

   Chyba czegoś nie czaję... bo dla mnie pomysł jest genialny!
Wreszcie skończyłyby się badania typu "wpływ wierszy Słowackiego na postrzeganie życia muchy owocówki" a kasa szłaby na przydatne projekty!!!

Może akurat nie tyle Słowacki, co choćby takie doniosłe badania

  Przyznaję, że też nie wiem w czym obecny system jest lepszy od tego "palikotowego"

Ja też jeszcze nie wiem, w sumie jestem na etapie wyrabiania sobie opinii. Przyznam, głosowałem na RP, obecnie jestem nieco rozczarowany, przede wszystkim poparciem reformy emerytalnej i histerycznym podejściem do GMO.

A to nie jest pomysł podobny do tego co się dzieje w USA? Jak szczerze nie cierpię tego kraju, tak trzeba przyznać, że pod względem technologicznym wyprzedza inne kraje świata. Z tego co kojarzę [a mogę się mylić] często naukowcy współpracują z wojskiem, który po kilku latach wypuszcza ich pomysły na rynek komercyjny. Pomysły się nie marnują, naukowcy mają pole do popisu, ludzie na tym też korzystają.

Ot właśnie. Amerykanie to wprawdzie dość dziwny naród, najpierw do siebie strzelają, a potem twierdzą, że jakby dostęp do broni był jeszcze szerszy, to mniej by do siebie strzelali (w sumie to też wpływ biznesu, tym razem producentów broni), ale faktem jest, że pod względem liczby nagród Nobla wyprzedzają inne kraje o kilka długości. Choć moim zdaniem, przyszłość będzie tu należeć do Chin - mają większy potencjał, rząd mocno wspiera naukowców i, choć to może argument z ciemnej strony nauki, mają dość swobodne podejście do kwestii bioetycznych*

 Ja chyba czegoś nie czaję, bo na Zachodzie tak jest od wielu lat i to się całkiem nieźle sprawdza. Prowadzi to na pewno do jednego: naukowcy prowadzą badania, bo mają świadomość, że jeśli im się uda, będą mieli zapewniony byt na kilka kolejnych lat. Oprócz tego, kiedy pomysł uda się dobrze "sprzedać", to te podmioty komercyjne inwestują sporą kasę w sprzęt, który zostaje potem do użytku np. studentów. A jak jest u nas? Naukowcy klepią masakryczną biedę, zarabiając 1,5 zł na rękę i pracując na sprzęcie w większości pamiętającym PRL. Nie pomnę już studentów, którzy często pracują na laborkach na prehistorycznym sprzęcie, a probówki i klamerki kupują za swoją kasę (true story).

My mamy w sumie szczęście, dotuje nas Unia, ale sprzęt widzieliśmy już różny, różne też słyszeliśmy historie (o myciu tipsów do pipet chociażby, a izolacji DNA za pomocą szamponu do włosów poświęciłem kiedyś notkę)

  pomysł nie jest zły, jeśli nie zostanie potraktowany jako uniwersalna zasada. A niestety w tym kraju szuka się ciągle uniwersalnych rozwiązań

I to chyba najlepsze podsumowanie: na pewno system finansowania nauki przez biznes nie będzie działał dobrze przy naukach humanistycznych, czy takich, które nie przynoszą natychmiastowych zysków (wystarczy wspomnieć, ile czasu zajmuje wprowadzenie leku na rynek - choć zyski z przemysłu farmaceutycznego są niemałe**). Tak samo, jak nie działa dobrze żadna ustawa traktująca wszystkie przypadki identycznie, o czym co rusz możemy się dowiedzieć z wiadomości. Liczę też, że przed wprowadzeniem (choć pomysły RP na ogół znikają gdzieś w Sejmie) tej, lub podobnej ustawy, zostanie ona skonsultowana z naukowcami - nie tylko tymi od oceny teologiczno-moralnej statusu ludzkiego embrionu w kontekście praktyki in vitro czy ekspertami od lotnictwa.

* Przykład zasłyszany w instytucie Nenckiego: w Chinach badano pacjentów z epilepsją, pobierając im przy okazji jakiegoś zabiegu (który i tak musieli mieć) wycinki mózgu. Niby wszystko w porządku, badanie miało jednak grupę kontrolną: jakimś cudem znaleźli 16 całkiem zdrowych ludzi, którzy dali sobie pobrać wycinek mózgu. Podejrzane.
** Choć raczej nie takie, jak chcieliby zwolennicy teorii spiskowych, twierdzący, że koncerny farmaceutyczne to masoni i reptilianie, którzy wpływają na rządy by truć obywateli, a następnie sprzedawać im leki, a w ogóle to powinniśmy się cofnąć do czasów prehistorycznych, gdzie wszyscy byli zdrowi, nikt nie miał raka i wszyscy żyli po 30 lat.

sobota, 1 grudnia 2012

Przeciwnicy GMO i in vitro - studium przypadku

Na początek jeden artykuł i drugi. Dostrzegacie pewne podobieństwa? Nie twierdzę oczywiście, że Grzegorz Braunek ani tym bardziej Doda to jacyś tytani intelektu, ani archetyp przeciwnika GMO/in vitro, jednak oba przypadki mają pewną wspólną cechę: wypowiadają się w nich osoby, które na dany temat nie mają zielonego pojęcia.
Taka już ludzka natura, że do przeciętnego zjadacza chleba łatwiej docierają nacechowane emocjonalnie argumenty (choćby wyssane z palca lub wzięte z innych części ciała), niż wyważone argumenty ludzi którzy znają się na rzeczy - po części jest to wina naukowców, którzy nie zawsze potrafią wypowiedzieć się w sposób zrozumiały dla ogółu (niejeden raz próbowałem wytłumaczyć rodzinie, czym dokładnie się zajmuję, jednak kiepsko mi to idzie). Ludobójstwo - to idealne słowo dla narodu karmionego od dziecka katyńsko-smoleńsko-zaborczą martyrologią. Naukowcy to dla przeciętnego człowieka dziwni ludzie, którzy niczego innego nie pragną jak podporządkować sobie ludzkość (zresztą: we wszystkich komiksowych opowieściach, które za sprawą postępującej amerykanizacji kultury przenikają i do nas, "ten zły" ma tytuł przynajmniej doktora, podczas gdy superbohater jest co najwyżej studentem), albo wywołać koniec świata, czy to przy użyciu własnoręcznie wyhodowanych bakterii, czarnej dziury/antymaterii w CERN czy choćby tego nieszczęsnego GMO, i w związku z tym nie należy im ufać.


 Taki naukowiec na ogół pracuje dla wielkich korporacji, Żydów, masonów, cyklistów, ateistów czy satanistów jeżdżących Czarną Wołgą i mrożących zarodki na lekarstwa dla bogatych Niemców - i nie jest to żart, wystarczy poczytać niektóre komentarze na blogu Wojciecha Zalewskiego, których autorzy bardzo lubią posługiwać się argumentum ad monsantum* (przy okazji: ja sam z żadną korporacją związany nie jestem, a jeśli ktoś mnie o to spyta, to ja z kolei spytam, czy nie pracują dla pewnej organizacji mającej 237 mln dolarów rocznego budżetu i biura w 42 krajach. Zresztą, w obecnych czasach oskarżanie kogokolwiek o sprzedanie się zawsze będzie hipokryzją - chyba, że oskarżający wykaże, że nie używa pieniędzy, a całą żywność i wszystko co mu do życia potrzebne wytwarza sam**).
Nawet wyglądające na naukowe argumenty przeciw GMO/in vitro nie zawsze mają sens. Choćby dwa argumenty dotyczące GMO:
a) Nasion GMO nie można ponownie wykorzystać do zasiewu, więc rolnicy co roku muszą kupić nowe nasiona,
b) Jeśli rośliny GMO będą gdzieś rosły, to ich nasiona rozsieją się na całą okolicę i wyprą normalne rośliny.
Poprawcie mnie, jeśli się mylę, ale jak dla mnie te argumenty przeczą sobie.
Przeciw in vitro również jest sporo argumentów, mniej (krzyki zarodków, słyszane przez pewnego ministra czy mój ulubieniec, abp Dzięga) lub bardziej (powikłania, mniejsza masa urodzeniowa; swoją drogą wciąż mam nadzieję, że współautorka bloga podzieli się swoją teorią na temat in vitro - jej uroda polega na tym, że jest przeciwko finansowaniu in vitro, a jednocześnie argumenty są bardziej niezgodne ze stanowiskiem Kościoła niż bycie za finansowaniem***). Tak jeszcze wracając do celebrytów, kreujących się na autorytety: bycie za in vitro jest cool, jazzy i trendy, złe mohery itp, a jak dostajemy GMO to rzucamy argumentami na poziomie moherowych beretów (vide Doda) i to też jest cool, jazzy i trendy (Kościół nic przeciw GMO nie mówił, więc nie pozgrywamy światłych Europejczyków będąc za).

A zamiast podsumowania artykuł wprawdzie trochę stary, ale w tej materii nic się zapewne nie zmienia. Gadanie sobie, argumenty za i przeciw sobie, a rolnik sobie. Tak samo jest z in vitro, legalizacją marihuany, związków jednopłciowych czy dowolną kwestią światopoglądową. Nie tyle uchwały wpływają na to, co zrobią ludzie, a oddolne zmiany w mentalności będą podstawą zmian prawa. Szkoda, ze niewielu polityków to rozumie, wybierając w zamian wyjście "jak czegoś zabronimy, to nie będzie problemu".

*Quidquid latine dictum sit, altum videtur.
** Autor w młodości mało nie został anarchistą, ale doszedł do wniosku, że przegięcie w lewo jest równie kiepskim pomysłem, jak przegięcie w prawo. Za to do dzisiaj słucha czasem Włochatego.
*** Tak, to możliwe

środa, 28 listopada 2012

Good times, bad times

Najpierw bad news: jesteśmy chwilowo bezrobotni, ponieważ skończyliśmy PCR-y, a jeśli chodzi o dostawy krwi pępowinowej, nasz zakład ni stąd ni zowąd znalazł się na końcu przewodu pokarmowego* za bankami publicznymi. Na szczęście spotykają nas też dobre rzeczy: pani doktor, zajmująca się w naszym szpitalu hodowlami komórkowymi zaprosiła nas (po starej znajomości, czyt. chodziliśmy na wykłady i dobrze ją wspominamy) do pracy przy komórkach skóry. W poniedziałek się wybieramy, potem zdamy relację ;) 




PS: Oprócz zajęć laboratoryjno-kołowo-magisterskich mamy też normalne zajęcia - na jedne z nich przygotowujemy prezentację o blotach (których jest, okazuje się, co najmniej siedem, a nie cztery). Zamierzamy ją zrobić bardzo "po naszemu", a że wszyscy w takich sytuacjach jesteśmy dziećmi spontanicznymi (a propos: na ostatnich zajęciach z psychologii na moim drugim kierunku** prowadzący, opisując nam schematy transakcji, stwierdził, że "jeśli z kimś rozmawiamy, to po drugiej stronie też jest bałwan"), będzie wesoło. Zresztą, oto mały trailer:


A tak na zakończenie: zgłosiłem się na królika doświadczalnego na zajęcia z mikrobiologii (dzisiaj będę szukał u siebie EBV). Przy pobieraniu krwi okazało się, że mam znikające żyły (ale, jak to mówią, do trzech razy sztuka...).

* Czyli nawet nie będąc orłem z anatomii nietrudno się domyślić, gdzie.
** Filologia angielska. W porównaniu z biotechnologią, zupełnie insza inszość.

niedziela, 18 listopada 2012

Rzadko chodzę do kościoła...

...ale jak już pójdę to trafiam na coś, co przypomina mi, czemu na ogół go omijam.
Abp Dzięga jest ostatnio w dobrej formie, co rusz produkuje nowe listy, jeden lepszy od drugiego. "To nie jest sprawa polityczna", pisze, "więc to kazanie nie jest uprawianiem polityki". Narzeka na dyscyplinę partyjną, każącą głosować radnym za dofinansowaniem in vitro, sam jednocześnie wydając wiernym dyspozycje, jak powinni myśleć.
Biskup narzeka również na los zamrożonych zarodków. Nie wiem, czy podobnie jak minister Gowin słyszy ich głos (disturbance in the Force?), ale jak dla mnie to równie sensowne, jak twierdzić, że próbka krwi, pobrana ode mnie 3 lata temu na biobank i prawdopodobnie wciąż leżąca gdzieś w lodówce Zakładu Genetyki i Patomorfologii odczuwa to samo co ja. W końcu i ta krew i zarodek po in vitro (w katolickiej terminologii naukowe "dziecko") to kilka komórek, nie posiadających nawet układu nerwowego.
A co z tak lubianą przez biskupów, skuteczną-na-wszystko naprotechnologią? No cóż, trzy artykuły w PubMedzie i pytanie wyszukiwarki, czy czasem nie chodziło mi o nanotechnologię to niezbyt wiele. No ale cóż, prawdziwa wiara dowodów nie potrzebuje - jak to określił abp Dzięga "prawdy o in vitro możemy dowiedzieć się tylko ze źródeł katolickich". Ileż oszczędności czasu - nie potrzeba całych lat badań, recenzowania pracy, przychodzi biskup, zatwierdza i mamy. A takie piękne różowo-żółte tabelki są dla niedowiarków i ateistów:

Co mi się podoba w liście arcybiskupa najbardziej to ten kawałek:
"Gdyby jednak ktoś z katolików świadomie podpisał się lub głosował za dopuszczalnością in vitro, także przez pokrętną formułę jego dofinansowania wbrew obowiązującym w Polsce zasadom prawa, niech pamięta, że występuje przeciwko godności osoby ludzkiej i przeciwko prawu Bożemu. Sam się wtedy odłącza od pełnej wspólnoty z Kościołem katolickim, póki następnie sprawy nie przemyśli, nie przemodli i nie zmieni publicznie swojego stanowiska. Do tego czasu niech pamięta, by nie prosił też Kościoła o dar komunii świętej"
Dziękuję, księżę arcybiskupie, oszczędza mi ksiądz trudu szukania dwóch świadków i opowieści proboszcza o tym, co mi dobry Bóg zrobi za apostazję (choć z tego co słyszałem, ekskomunika nie wypisze mnie niestety ze statystyk). Swoją drogą, ostatnie liczenie wiernych w mojej parafii ujawniło, że na około 10 tysięcy dusz na mszę uczęszcza jakieś 2500 z małym hakiem, w większości emerytów lub gimnazjalistów przygotowujących się do bierzmowania. Ilu z nich popiera in vitro? Statystycznie jest to 73%, wynik zastanawiający, zwłaszcza, że Kościół twierdzi, że 95% Polaków to katolicy. Oj, nie słucha się księdza arcybiskupa...

Podsumowując, choćbym miał szukać po całym Szczecinie, znajdę zbierających podpisy za refundacją in vitro i z radością złożę swój podpis. Trzymam też kciuki za radnych, by zagłosowali zgodnie z wolą większości, a nie tych, którzy krzyczą najgłośniej.
 
 

poniedziałek, 12 listopada 2012

O dobrym narybku słów kilka...

Swego czasu pisałam, że zostaliśmy do Profesora na dywan zaciągnięci - jak na targu niewolników - oglądnięci, przepytani i przyjęci na tak zwany "okres próbny".
Nasz okres próbny ciągnie się już nieco dłużej, ale teraz dopiero dostaliśmy szansę wykazać się swoimi umiejętnościami, pomysłami i innymi supermocami.
Ratowaliśmy przez te trzy tygodnie lab przed zagładą, wybawialiśmy pracowników z opresji, wyciągaliśmy wirówki z depresji, w międzyczasie i pipetowanie jakieś się znalazło i oto przyszedł czas chwały!
Po raz kolejny zostaliśmy zaproszeni na wizytę u naszego Protektora.
Szliśmy tam dosyć pewni siebie, wiedząc, że to laboratorium, tak naprawdę to tylko dzięki nam się trzyma, choć gdzieś tam w głębi nie wiadomo było jak naprawdę będzie.
I STAŁO SIĘ!
Nasz LabPapa chcąc utrzymać swój srogi wizerunek pochwalił nas kilkoma słowy, choć gdzieś tam pod maską widać było to zadowolenie z wyboru bardzo obiecującego narybku. Oczywiście pouczenie od obowiązku dalszej pracy, nic-sobie-nie-wyobrażajcie-iźmie i innych tego typu sprawach zostało nam powtórzone po czym z gabinetu nas wypuszczono.
Dalej pracujemy nad projektem na STN - jednocześnie snując plany na przyszłość...
Ale o tym następnym razem. :)
A.
Narybek molinezji :)

czwartek, 25 października 2012

Statystyka like a boss

W poprzedniej notce zahaczyliśmy lekko (nawet bardzo lekko) o statystykę. Statystyka jest jedynym sposobem, aby przekształcić nasze pipetowania, wirowania czy inkubacje w spójny wynik, który możemy przedstawić szerszej publiczności. Dodatkowo, rozmaite testy statystyczne pozwalają nam ustalić, czy nasze odkrycie jest w jakikolwiek sposób istotne.
Podstawowym narzędziem, jakiego używamy, jest język programowania R - open source'owa alternatywa dla STATISTIKI. Pierwsza wersja tego języka powstała w 2000 roku jako implementacja języka S, o którym nikt normalny nie słyszał, gdyż został on opracowany w roku 1976, czyli w czasach, kiedy komputery wyglądały w najlepszym wypadku tak:
(źródło - en.wikipedia.org)

W każdym razie, R ma wszystko, czego statystyczny statystyk (pun not intended) potrzebuje do szczęścia - bogaty wybór testów statystycznych, możliwość tworzenia filtrów, pętli oraz całkiem dobrze prezentujących się wykresów (swego czasu wzruszyłem się podczas konferencji naukowej Dzień Mózgu, widząc na czyjejś prezentacji stworzone za pomocą R wykresy). Poza tym, jako oprogramowanie typu open source, R jest całkowicie darmowy - wystarczy ściągnąć (tym bardziej, że już jutro premiera wersji 2.15.2).


Programowanie w R jest dosyć łatwe (jak na programowanie oczywiście) - wszelkie nasze pomyłki skutkują wyrzuceniem błędu lub ostrzeżenia, często ze wskazaniem części kodu odpowiedzialnej za błąd (aczkolwiek są wyjątki: wczoraj spędziłem pół wieczora, zastanawiając się z koleżanką, dlaczego w jej wykresie nie znika opis osi x - okazało się, że zamiast "xaxt='n'" napisała "xant='n'", o czym program nie poinformował, tylko po prostu zignorował ten parametr i wyświetlił wykres z opisem osi x). Pomoc do każdej funkcji możemy uzyskać, wpisując w konsolę ?nazwa_funkcji.

Zaczątki pętlowej Incepcji - pętla if wewnątrz pętli while. 

Przykładowy wykres.


R obsługuje pliki w formacie .csv, wbudowane jest wiele testów statystycznych, a funkcjonalność poszerzają liczne dodatkowe biblioteki dostępne w internecie (instalacja jest prosta: wpisujemy install.packages("nazwa_biblioteki"), następnie wybieramy serwer, z którego chcemy pobrać pakiet (znajomość stref czasowych jest przydatna - wybieramy serwer znajdujący się w miejscu, gdzie internauci akurat śpią) i pamiętamy, żeby przed użyciem komendy oferowanej przez daną bibliotekę uruchomić ją komendą library("nazwa_biblioteki")). Niestety, biblioteki nie są kompatybilne z polską wersją programu, jednak język można dość łatwo zmienić.

Początkującym statystykom polecam szczególnie zainstalować pakiet nortest, zawierający test Andersona-Darlinga (ad.test), dzięki czemu nie będziemy skazani na niedokładności testu Kołmogorowa-Smirnova (ks.test).

Podsumowując, R jest stosunkowo prostym (jestem w stanie posługiwać się nim w miarę biegle, mimo, że jedyne lekcje programowania przed studiami zaliczyłem na kółku informatycznym w podstawówce/gimnazjum w programie LOGO, w czasach Windowsa 95/98, dyskietek i dinozaurów czających się w drodze do szkoły), łatwo dostępnym (wystarczy dostęp do internetu, choćby Twoje laboratorium znajdowało się w Ugandzie) i, co najważniejsze, szczególnie dla młodych naukowców, darmowym programem, oferującym szeroką gamę możliwości.





niedziela, 21 października 2012

Gen gwiazdą popkultury.

Historię poniższą opowiedział nam niedawno wykładowca na biochemii klinicznej jako przykład skłonności ludzi do wierzenia, że za wszystko odpowiadają geny. Poznajmy głównego bohatera opowieści, Robina Cooka:
(źródło - pl.wikipedia.org)

Robin Cook jest lekarzem, jednak bardziej znany jest jako pisarz, "król thrillera medycznego". Świat biotechnologów dzieli się na tych, którzy czytali jego książki i tych, którzy kłamią, twierdząc że nie czytali (ja jak dotąd przeczytałem tylko Niebezpieczną Grę, przy okazji brawa dla tłumacza - książka ta w oryginale nazywa się Cure).

W roku 2005 Robin Cook napisał książkę Marker (warning - spoilers ahead) Główna bohaterka, dr Laurie Montgomery odkrywa, że pacjenci, będący nosicielami zmutowanej kopii genu MEF2A są mordowani przez firmę ubezpieczeniową, aby uniknąć wypłaty odszkodowań w przypadku, gdyby dostali ataku serca.
(end of spoilers) 
Profesor, który opowiadał nam tę historię przypuszcza, że Cook (który przypomnę, jest lekarzem, a nie biotechnologiem/genetykiem - różnica o tyle istotna, że wielu pracowników laboratoriów uważa, że lekarz w labie to nieszczęście gorsze od inspekcji sanepidu, masowej ucieczki szczurów, wizyty studentów i odkrycia przez szefa, że przeglądamy kwejka w pracy razem wziętych) zbierając materiały do powieści, postąpił jak każdy szanujący się medyk, tzn. zajrzał na PubMed i znalazł tam artykuł Altshulera i Hirschhorna. Następnie postąpił nieco podobnie do Dana Browna, ewentualnie studentów piszących prezentację na zajęcia, tzn. przeczytał tytuł i (niezbyt dokładnie) abstract. Bowiem już z abstractu możemy wyczytać, że Only 1 CAD patient was found to carry a missense mutation not found in controls. W pełnej wersji artykułu możemy przeczytać m.in. że opisana mutacja była sprzężona z chorobą niedokrwienną serca tylko u jednej rodziny, w której występowały dodatkowo inne czynniki ryzyka. Statystyka okazała się z kolei bezlitosna dla badań na większej grupie pacjentów (The current estimate of the difference in the prevalence of nonsynonymous change between CAD and control patients (5 of 500 versus 0 of 500, respectively) does not achieve nominal significance (P > 0.2)*). No cóż... Czytelnicy raczej na PubMed nie zaglądają, z wyjątkiem tych najbardziej upier... dociekliwych. Zresztą, nie tyczy się to tylko thrillera medycznego, wystarczy wspomnieć kwiatki sadzone dość obficie w książkach wspomnianego już Dana Browna. Z drugiej strony, ciężko by było napisać książkę/nakręcić film, trzymając się ściśle prawdziwych wytycznych.

(źródło: xkcd.com)

Przy okazji, przypomina mi się opowieść jednego z panów z naszej sądówki, który mówił, że kupili kiedyś maszynę "taką jak w CSI"** służącą do poszukiwania ciał pod ziemią. Po jakimś czasie zadzwonili do sprzedawcy z pytaniem, dlaczego w serialu na monitorze widać szkielety, natomiast u nich widać jedynie niewyraźne zarysy. Sprzedawca cierpliwie wyjaśnił im różnicę między prawdą czasu a prawdą ekranu, po czym dodał, że nie oni pierwsi dzwonią do niego w tej sprawie...


A tak na koniec dodam jeszcze, że pisanie thrillerów medycznych/kryminałów może być ciekawą alternatywą, (względnie dodatkiem do pensji) gdyby wyrzucili nas z laboratorium*** ;)



* Dla mniej biegłych w statystyce podaję, że wartość p, czy jak to się u nas mówi "piwalju", powinna wynosić poniżej 0,05, aby można było uznać badanie za istotne.
** Tak, na medycynie sądowej oglądają CSI. Co więcej, podczas zajęć z chirurgii odkryliśmy w kanciapie prowadzących dr House'a na DVD. Przypuszczamy, że na anatomii oglądają Kości, a u ginekologów woleliśmy nie sprawdzać.
*** Autor tylko się odgraża, na napisanie książki jest zdecydowanie za leniwy, o czym może świadczyć fakt, że powyższą notkę pisał z przerwami przez półtora tygodnia. 

piątek, 19 października 2012

No to jadziem...

Badania ruszyły pełną parą, oto parę symptomów, na podstawie których można to stwierdzić:
(kolejność przypadkowa)

1) Mamy własną kanciapę nad laboratorium. (napis na drzwiach dumnie głosi "Pokój Asystencki")
2) Dostaliśmy kod do drzwi Zakładu. Jak dotąd najlepszą stroną tego faktu są pełne szacunku spojrzenia studentów czekających na korytarzu na  kogoś, kto wpuści ich do środka. My tego nie robimy - niech czekają!
3) W przyszpitalnym Lidlu znów mają żelkowe myszy. Ulubiony przysmak laborantów.
4) Zarząd STN wyciągnął łapsko po składkę.
4) Wprawiamy się w rozcieraniu mysich oczu i izolacji z nich RNA, izolujemy komórki macierzyste z krwi pępowinowej.
5) Kłujemy się potencjalnie skażonymi igłami...
Wróć. Nie my się kłujemy, chroni nas znane od wielu lat prawo Murphy'ego, które przed chwilą wymyśliłem, mówiące, że niedoświadczonym pracownikom nic złego się nie przytrafia, tylko dlatego aby, pozostawieni sami sobie, mogli spowodować katastrofę. Lub w prostszej wersji - Szlag zawsze trafia głowę zespołu. :P
Zakłucie w każdym razie nie było zbyt wielkie, krew, wprawdzie pępowinowa to jednak krew, traktujemy ją jakby była skażona HIV, co najmniej dwoma różnymi WZW i czym tam kto woli. Przepisy BHP poszły w ruch, protokół, zabezpieczenie resztek krwi do zbadania - pierwszy raz zobaczyliśmy jak to wszystko działa w praktyce. Wszystko zadziałało sprawnie.
Problem leżał jednak w czym innym: zostaliśmy we dwójkę z krwią od dwóch innych noworodków. Siedzieliśmy naprzeciw tych dwóch falconów i zerkaliśmy na siebie nieufnie.
(przy okazji: wspomniana wyżej krew od początku była pechowa, między innymi nie chciała się zwirować jak trzeba czy zawierała znacznie mniej komórek, niż dwie pozostałe - mamy nadzieję, że dziecko nie będzie równie pechowe...).
Z jednej strony szkoda przerywać izolację w połowie, z drugiej, robimy to pierwszy raz, i w dodatku musimy to zrobić sami. Od czego jednak jest instrukcja dołączona do zestawu (tak, na to też jest zestaw) i życzliwi ludzie, którzy napisali nam jej "wersję dla początkujących". Pomimo drobnych, acz nietypowych problemów z wirówką*, która:
- jednej osobie się nie otwiera, a drugiej nie zamyka (trzeba dobrze się w pary dobierać - aż się prosi, żeby wyliczyć statystyczne prawdopodobieństwo, że dobierze się para której wirówka się nie zamknie i nie otworzy :P)
- podczas wirowania, pomimo dokładnego ustalenia równowagi probówek trzęsie całym blatem, na którym jest ustawiona
- w pewnym momencie stwierdza, że okazujemy jej za mało czułości i zaczyna przerywać wirowanie komunikatem "Imbalance", do momentu, aż ktoś się do niej nie przytuli. W takim układzie jest w stanie wirować łaskawie dalej.

Ostatecznie, po zrobieniu jednego z wirowań na trzy raty (przytulanie się do wirówki przez 10 minut nie tylko jest męczące, ale do tego osobliwie wygląda), przesiedliśmy się na inne urządzenie znanej firmy E. (w sumie, jeśli się wspomni o firmie produkującej sprzęt laboratoryjny na E, to i tak każdy wie o jaką firmę chodzi), które nie zdążyło jeszcze osiągnąć takiego stadium ewolucji i nie żąda okazywania uczuć.
Odczynniki staraliśmy się dodawać w odpowiednich proporcjach podanych w instrukcji dla żółtodziobów, lub stosownie tę instrukcję modyfikować i uzupełniać. Wyizolowane komórki macierzyste zanieśliśmy na sorter, i sądząc z tego, że kiedy dzisiaj siedziałem w laboratorium pomagając przy izolacji RNA (kolejne prawo Murphy'ego: kiedy już założysz rękawiczki i nie możesz dotykać niczego, w czym mogą się czaić RNA-zy, prawdopodobieństwo, że coś zacznie cię swędzieć, wynosi 100%) zostały mi przekazane gratulacje, najwyraźniej nic nie zepsuliśmy**.

*Autor widział w życiu rozmaite wirówki, aczkolwiek jego ulubioną jest wirówka Sorvall RC-5B, ustrojstwo większe od przeciętnej pralki, mające futurystyczny design a la Gwiazda Śmierci (im coś ma więcej światełek, tym jest nowocześniejsze), które, źle potraktowane nie bawi się w żadne komunikaty "Imbalance", lecz od razu wchodzi w nadprzestrzeń.
** Zjawisko określane w grach RPG jako "szczęście nooba"

wtorek, 9 października 2012

Początek - któryś z kolei.


Rok akademicki 2011/12 upłynął nam w kole naukowym pod znakiem nabywania umiejętności praktycznych głównie z zakresu immunohistochemii. Szeregi alkoholowe były naszymi przyjaciółmi - ale oczywiście tylko w naukowym tego słowa znaczeniu.... Zahaczyliśmy o blotting, konfokal czy zwięrzęta laboratoryjne a wszystko po to by w tym roku zająć się czymś własnym.

Tak więc - wszystkie drogi prowadzą na dywan do Profesora - ewentualnie przez ten dywan. I wczoraj przez ten dywan się przetoczyliśmy. Łatwo nie było... :)
Ale rokowania przeżycia pięcioletniego są dobre :)
Będzie się działo. Będzie samodzielna praca, będzie materiał na konferencję, będą konferencje.
Mamy pracować ciężko, w pocie czoła generować wyniki, rozwiązania i wnioski.
Ale dzięki temu nasza droga do Nobla skróciła się o ten jeden krok. :)


środa, 26 września 2012

Sprawozdanie z praktyk

Oto tekst sprawozdania, jakie napisałem pod koniec moich praktyk w warszawskim Instytucie Nenckiego. Wybaczcie styl - musiało być w miarę zwięźle i syntetycznie, więc wyszło jak wyszło, ale mam nadzieję, że przybliży to chociaż trochę to, czym zajmowałem się przez blisko dwa miesiące.


Praktyki – wykonane badania:

I. Hodowle pierwotne komórek hipokampa:

Hodowle zakładano z komórek hipokampa pozyskanych od osiemnastodniowych zarodków mysich oraz szczurzych, zgodnie z procedurą opisaną w pracy Culturing hippocampal neurons Bankera. Izolowano mózgi, a następnie hipokampy. Komórki dysocjowano i umieszczono na uprzednio przygotowanych (wyczyszczonych w kwasie azotowym, wysterylizowanych i pokrytych polilizyną) szkiełkach umieszczonych w dołkach płytki 12-dołkowej. Była to hodowla o niskiej gęstości (pomiędzy 50-100 komórek na mm2; większa gęstość mogłaby spowodować tworzenie się agregatów).

W 7 dniu hodowli komórki transfekowano plazmidami kodującymi białko zielonej lub czerwonej fluorescencji (odpowiednio GFP i RFP). Po 24 godzinach komórki utrwalono 4% paraformaldehydem i barwiono metodami immunocytochemicznymi w celu wykrycia markerów komórkowych, takich jak MAP2 (białko cytoszkieletu, występuje w dendrytach), NeuN (białko jądrowe, marker neuronów) oraz synaptofizyna (białko pęcherzyków synaptycznych, marker synaps). Jako przeciwciał drugorzędowych używano między innymi Alexa Fluor 488, Alexa Fluor 555 oraz Texas Red. Następnie komórki oglądano przy użyciu mikroskopu fluorescencyjnego oraz konfokalnego, obserwując morfologię komórek.

II. Przygotowanie plazmidu z TIMP1-shRNA:

Przygotowano plazmid kodujący sekwencję shRNA wyciszającą na poziomie ekspresji gen TIMP-1.

Przygotowanie plazmidu obejmowało wklonowanie fragmentu kodującego shRNA do wektora plazmidowego. Następnie wektor namnażano w bakteriach i sekwencjonowano w celu weryfikacji sekwencji wstawki. Szczegółową procedurę opisano poniżej.

Oligonukleotydy z sekwencjami shRNA poddano początkowo procesowi annealingu – po 2 ul każdego z nich dodano do buforu do elucji i umieszczono na ok. 10 minut w temperaturze 99 stopni Celsjusza a następnie schłodzono do temperatury pokojowej, co miało na celu hybrydyzację fragmentów. Następnie poddano je fosforylacji za pomocą ATP oraz kinazy polinukleotydowej oraz ligacji z wektorem (przez noc w temperaturze 16 stopni Celsjusza).

W celu dokonania transformacji bakterii należy zwiększyć ich kompetencję, tzn. zdolność do przyjęcia obcego DNA (przepuszczalność błony komórkowej). Można to zrobić, traktując bakterie roztworami soli np. CaCl2. Chlorek wapnia wykorzystywany w tej metodzie musi być zimny i sterylny, natomiast OD600 (gęstość optyczna hodowli przy długości fali 600 nanometrów) hodowli bakterii musi wynosić 0,2-0,4 (odpowiada to logarytmicznej fazie wzrostu bakterii). Po zwiększeniu kompetencji bakterie mogą być przechowywane w lodówce przez 2-3 dni, lub w temperaturze -80 stopni Celsjusza przez 2-3 miesiące.

Tak przygotowane bakterie transformowano plazmidowym DNA za pomocą metody heat shock. Kompetentne bakterie rozmrożono w lodzie. Dodano do nich mieszaninę ligacyjną i umieszczono na minutę w temperaturze 42 stopni Celsjusza a następnie ponownie umieszczono w lodzie. Do bakterii dodano pożywkę SOC i inkubowano w 37 stopniach przez 45 minut. Następnie bakterie wysiano na szalki z agarem i antybiotykiem selekcyjnym (ampicyliną). Bakterie hodowano na szalkach w temperaturze 37 stopni Celsjusza. Z pojedynczych hodowli założono płynne mini hodowle, z których wyizolowano plazmidowe DNA metodą MiniPrep. DNA przygotowano do sekwencjonowania i zsekwencjonowano.

III. Badanie morfologii komórek i kształtu kolców dendrytycznych in vivo

Badania tkanek rozpoczęto od przeprowadzenia perfuzji, czyli procedury polegającej na wprowadzeniu do krwioobiegu myszy paraformaldehydu, co ma na celu utrwalenie tkanek, dzięki czemu pobranie oraz późniejsze krojenie mózgu na skrawki jest łatwiejsze, a ryzyko uszkodzenia tkanki mniejsze. Poza tym, podczas perfuzji krew jest wypłukiwana za pomocą PBS, przez co jej autofluorescencja nie jest widoczna podczas oglądania skrawków mózgu pod mikroskopem konfokalnym. Po perfuzji mózg myszy pobrano i zanurzono na 15 minut w paraformaldehydzie (tzw. Post-fix) a następnie umieszczono w PBS.

W ten sposób mózg przygotowano do kolejnego etapu, czyli krojenia na wibratomie. Po wyjęciu z PBS-u został on przyklejony specjalnym klejem do podstawki i ustabilizowany za pomocą agarozy. Następnie mózg pocięto na skrawki o grubości 100 um, które po zebraniu za pomocą pędzelka umieszczono w buforze PBS w dołkach płytki 24-dołkowej, w oczekiwaniu na kolejne etapy: barwienie DiI oraz immunohistochemię.

DiI to lipofilny barwnik fluorescencyjny, wykorzystywany do wizualizacji elementów morfologii komórek, takich jak chociażby kolce dendrytyczne. Z łatwością dyfunduje on do błony komórkowej neuronów, znakując rozgałęzienia i strukturę kolców. Metoda ta uwidacznia strukturę neuronów lepiej niż stosowane tradycyjnie barwienie Golgiego. DiI jest wprowadzany do komórek z zastosowaniem metody balistycznej.

Przygotowano naboje do GeneGuna, składające się z wolframowych kulek o średnicy 1,3 um, będących nośnikiem dla DiI. Zawiesinę kulek z DiI oraz chlorkiem metylu wprowadzono do plastikowej rurki, którą po wysuszeniu pocięto na około centymetrowej długości odcinki, które wykorzystano jako naboje. Związany z wolframowymi kulkami barwnik wystrzelono za pomocą sprężonego azotu w stronę skrawka. Tak przygotowane skrawki mózgu można oglądać pod mikroskopem bezpośrednio, lub też po dodatkowym barwieniu immunohistochemicznym. Procedura tego barwienia tylko kilkoma szczegółami różni się od barwienia hodowli komórkowych: skrawków „strzelanych” nie traktuje się tritonem w celu permeabilizacji błon (DiI znajdujący się w błonach mógłby się wtedy rozdysocjować), niepotrzebne jest też utrwalanie komórek, gdyż zostało to zrobione podczas perfuzji. Również większa spoistość tkanki w porównaniu z hodowlą komórkową powoduje, że czas inkubacji z przeciwciałem (w tym wypadku wykorzystaliśmy przeciwciała pierwszorzędowe GFP oraz NeuN, oraz drugorzędowe Alexa Fluor 488 oraz 555) musi być dłuższy niż w przypadku kultury komórkowej.

IV. Izolacja białka z mózgu dorosłego szczura

Kolejnym wykonywanym podczas praktyk badaniem była izolacja białka z mózgu dorosłego szczura. Wyizolowano mózg, (tym razem bez uprzedniej perfuzji), po czym rozdzielono go na poszczególne struktury (hipokamp, kora przedczołowa, móżdżek) Do tkanki dodano przygotowany uprzednio bufor do lizy. Tkankę zhomogenizowano i zamrożono. Następnie przygotowano serię rozcieńczeń BSA (bovine serum albumin), które posłużyły do wykreślenia krzywej wzorcowej, za pomocą której obliczono stężenia białka w poszczególnych próbkach metodą Bradforda.

V. Badanie aktywności proteolitycznej białka MMP9 z zastosowaniem zymografii

Zymografia jest techniką służącą do wykrywania właściwości proteolitycznych białek, a dokładniej ich zdolność do rozkładu będącej składnikiem żelu do elektroforezy żelatyny. Materiałem do badań były białka wyizolowane z mózgu szczura. Białka rozdzielano na żelu poliakrylamidowym z dodatkiem żelatyny. Następnie żele płukano w buforze wywołującym i barwiono błękitem Coomassie, co pozwalało na uwidocznienie miejsc, w których żelatyna została rozłożona przez proteazy (jasne prążki). 


Ciekawostka: sprawdziła się stara prawda, że autokorekta Worda jest jak prymuska z gimnazjum, która myśli, że wie wszystko najlepiej. Gdy pisałem tekst, usiłowała zmienić shRNA na "sarna", NeuN na "neon" i "ligacja" na "libacja" - choć akurat "libacja z wektorem przez noc w temperaturze 16 stopni" jest zdaniem niemal sensownym.


wtorek, 11 września 2012

Krótki przerywnik

http://www.radioszczecin.pl/index.php?idp=1&idx=88404&idf=168583

Artykuł co prawda sprzed jakiegoś czasu, ale można sobie obejrzeć zdjęcia laboratorium, w którym już od października ekipa naszego bloga będzie zdobywać kolejne doświadczenia. Jak to określił swego czasu jeden z naszych wykładowców, będziemy w końcu pipetować jak biali ludzie. Czego życzymy wszystkim niestrudzonym naukowcom ;)

Znaczenie głupoty w badaniach naukowych

Od tłumacza: poniższy tekst jest tłumaczeniem artykułu Martina A. Schwartza z Wydziału Mikrobiologii na Uniwersytecie Virginia, zatytułowanego The importance of stupidity in scientific research. Wersję angielską eseju można przeczytać tutaj.

Znaczenie głupoty w badaniach naukowych.

Spotkałem niedawno moją starą przyjaciółkę, której nie widziałem już od kilku lat. Oboje byliśmy doktorantami w tym samym czasie, oboje zajmowaliśmy się naukami ścisłymi, choć różnymi ich obszarami. Po jakimś czasie rzuciła ona uczelnię, poszła na wydział prawa na Harvardzie i została prawnikiem, pracuje dla dużej organizacji zajmującej się ochroną środowiska. W pewnym momencie nasza rozmowa zeszła na temat jej odejścia. Ku memu zdumieniu powiedziała, że głównym powodem był fakt, że czuła się tam głupio. Po kilku latach codziennego czucia się głupio, stwierdziła, że czas wybrać sobie inną ścieżkę kariery.

Zawsze uważałem ją za jedną z bystrzejszych osób, jakie znałem i jej późniejsza kariera potwierdziła moje spostrzeżenia. To co powiedziała, zastanawiało mnie. Ciągle myślałem nad tym, aż w końcu, następnego dnia po rozmowie z nią oświeciło mnie. Nauka sprawia, że ja także czuję się głupio. Po prostu przyzwyczaiłem się do tego, tak bardzo, że, prawdę mówiąc, codziennie szukam nowych możliwości by poczuć się głupio. Nie wiedziałbym, co zrobić bez tego uczucia, uważam nawet, że tak właśnie powinno być. Pozwólcie, że wyjaśnię.

Dla niemal każdego z nas jednym z powodów, dla których lubiliśmy nauki ścisłe na uniwersytecie czy w college'u, był fakt, że byliśmy w nich dobrzy. Nie jest to jedyny powód - fascynacja płynąca ze zrozumienia otaczającego nas świata i emocjonalna potrzeba odkrywania nowych rzeczy również mają tu dużo do powiedzenia. Ale nauki ścisłe na uniwersytecie czy w college'u oznaczają  zaliczanie zajęć, a dobre ich zaliczenie oznacza zaznaczenie dobrych odpowiedzi na testach. Jeśli znamy te odpowiedzi, robimy to dobrze i czujemy się mądrze.

Jednak doktorat, w czasie którego musimy napisać pracę badawczą to całkowicie odmienna rzecz. Dla mnie, było to zniechęcające zadanie. Jak mógłbym sformułować pytania, które doprowadziłyby do znaczących odkryć; zaprojektować i zinterpretować eksperyment, tak, by wnioski były całkowicie przekonujące; przewidzieć trudności i drogę pozwalającą je ominąć, albo, gdy mi się to nie uda, rozwiązać je gdy tylko wystąpią? Moja praca doktorska była dość interdyscyplinarna i przez jakiś czas, gdy tylko napotkałem problem, szedłem z nim do członków rady mojego wydziału, którzy byli ekspertami w wielu dziedzinach, których potrzebowałem. Pamiętam dzień, kiedy Henry Taube (który dostał Nagrodę Nobla dwa lata później) powiedział mi, że nie wie, jak rozwiązać związany z jego dziedziną problem, z którym przyszedłem do niego. Byłem akurat w trakcie trzeciego roku mojego doktoratu i uważałem, że Taube wiedział wszystko około tysiąca razy lepiej niż ja (skromnie licząc). Jeśli on nie znał odpowiedzi, nikt nie mógł jej znać.

To mnie uderzyło: nikt nie mógł jej znać. Właśnie dlatego był to problem badawczy. I jako, że był to problem badawczy, moim zadaniem było go rozwiązać. Gdy tylko zrozumiałem ten fakt, znalazłem rozwiązanie w ciągu kilku dni (tak naprawdę nie był zbyt trudny; musiałem tylko sprawdzić kilka rzeczy). Ważną dla mnie lekcją było zrozumienie, że ilość rzeczy, których nie wiem, nie była zbyt duża - dla celów praktycznych możemy przyjąć, że była nieskończona. Uświadomienie sobie tego nie było zniechęcające, było dla mnie wyzwoleniem. Jeśli nasza niewiedza jest nieskończona, jedynym możliwym sposobem działania jest radzenie sobie z tym najlepiej jak tylko możemy.

Chciałbym zauważyć, że nasze tematy prac doktorskich często krzywdzą studentów w dwojaki sposób. Po pierwsze, nie wydaje mi się, że studenci są stworzeni do rozumienia, jak ciężkie jest prowadzenie badań. I jak bardzo, bardzo ciężkie jest prowadzenie ważnych badań. Jest to dużo trudniejsze niż zdanie nawet najbardziej wymagających egzaminów. To co sprawia, że jest to takie trudne to fakt, że badania naukowe są skokiem w nieznane. Po prostu nie wiemy, co robimy. Nigdy nie jesteśmy pewni, czy zadajemy właściwe pytanie lub robimy właściwy eksperyment, dopóki nie uzyskamy odpowiedzi lub wyniku. Trzeba przyznać, że nauka jest jeszcze trudniejsza przez konkurencję o granty czy miejsce na łamach najważniejszych czasopism. Ale i bez tego, prowadzenie naprawdę ważnych badań jest trudne samo w sobie i zmiana przepisów wydziału, instytucji czy państwa nie zdoła zmniejszyć tej wewnętrznej trudności.

Po drugie, nie staramy się wystarczająco, by nauczyć naszych studentów, jak być produktywnie głupimi - mam na myśli, że jeśli nie czujemy się głupi, oznacza to, że nie staramy się wystarczająco. Nie mówię tu o "względnej głupocie" w sytuacji, gdy jedni studenci w grupie czytają materiały, rozmyślają nad nimi i zaliczają egzaminy perfekcyjnie, podczas gdy inni nie. Nie mówię tu też o bystrych ludziach, którzy być może pracują w zawodzie, który nie odpowiada ich talentom. Nauka jest związana z konfrontacją z naszą "głupotą absolutną" - tym jej rodzajem, który jest egzystencjalnym faktem,  nieodłącznym składnikiem naszych wysiłków na drodze w nieznane. Dobrym sposobem przeprowadzania obron prac magisterskich czy doktorskich jest drążenie tematu przez radę wydziału do momentu, gdy student zaczyna udzielać złych odpowiedzi lub też podda się. Celem takiego sprawdzianu nie jest sprawdzenie, czy student będzie znał odpowiedź na każde pytanie. Jeśli tak, wówczas jest to porażka pytających. Prawdziwym celem jest zidentyfikowanie słabości studenta, częściowo by zobaczyć, gdzie powinien nieco bardziej się starać, a częściowo po ty, by sprawdzić, czy wiedza studenta zawodzi na wystarczająco wysokim poziomie, by uznać go za zdolnego do prowadzenia badań naukowych.

Produktywna głupota oznacza bycie ignorantem z wyboru. Skupianie się na ważnych pytaniach stawia nas w dziwnej sytuacji bycia głupim. Jedną z pięknych stron nauki jest, że pozwala nam na błądzenie, bycie w błędzie raz za razem i wspaniałe uczucie, gdy zrozumiemy, że za każdym razem nauczyliśmy się czegoś nowego. Bez wątpienia, może to być trudne dla studentów przyzwyczajonych do uzyskiwania dobrych odpowiedzi. Bez wątpienia, rozsądny poziom pewności siebie i odporności psychicznej pomaga, lecz  uważam, że naukowa edukacja może bardzo złagodzić tę nagłą zmianę: z uczenia się, co odkryli inni, do odkrywania nowych rzeczy samemu. Im bardziej komfortowo będziemy się czuć z byciem głupim, tym głębiej zanurzymy się w nieznane i tym bardziej prawdopodobne, że dokonamy kiedyś nowych odkryć.


poniedziałek, 3 września 2012

Kolorowe obrazki

Zapewne każdy pracownik laboratoryjny spytany którą część swojej pracy lubi najbardziej, wspomni o ostatnim etapie wielu eksperymentów: oglądaniu rezultatów swoich działań pod mikroskopem. Dobrej jakości mikroskop konfokalny w połączeniu z odpowiednio dobranym zestawem przeciwciał potrafią stworzyć prawdziwe dzieła sztuki - przykładem mogą być chociażby zdjęcia wykonane w ramach projektu Brainbow, w którym każdy neuron jest wybarwiany na inny kolor.

Ja również miałem niedawno okazję porobić nieco zdjęć za pomocą mikroskopu konfokalnego - nie był to co prawda eksperyment na miarę nagrody Nobla, ot, ustalenie, które z przeciwciał w laboratorium, w którym odbywam praktyki działa, a które przeniosło się już do immunologicznego odpowiednika Krainy Wiecznych Łowów. Oto co ciekawsze rezultaty:


Zakręt zębaty hipokampu szczurzego przy powiększeniu 10x. W górnej części zdjęcia widoczna jest również kora mózgowa. Przeciwciałem pierwszorzędowym było tutaj (pożyczone - nasze nie działało) MAP2 - uwidacznia ono cytoszkielet komórki. Przeciwciałem drugorzędowym była zielona Alexa Fluor 488. Do uwidocznienia jąder komórkowych zastosowano DAPI (niebieski). Na fotce widać nieco artefaktów - spowodowane jest to zapewne tym, że piszący te słowa ma dwie lewe ręce, gdy przychodzi do nakładania skrawków na szkiełko...

Ten sam skrawek przy powiększeniu 20x. Uwidocznienie tubuliny przez MAP2 pozwala dostrzec aksony komórek nerwowych.

Inny skrawek, wybarwiony za pomocą markera neuronalnego NeuN oraz przeciwciała drugorzędowego Alexa Fluor 555 (jeden z pozostałych skrawków wybarwiłem za pomocą Texas Red, jednak to przeciwciało nie działało tak jak należy). DAPI jest dość słabo widoczne, a w dodatku kompresja pogorszyła jakość zdjęcia, ale można dostrzec, że w większości wypadków niebieskie jądra pokrywają się z czerwonym ciałem komórki.

I na koniec coś znacznie ciekawszego: 


W tym wypadku polecam jednak pobrać pełną wersję i rozkoszować się widokiem całej półkuli szczurzego mózgu w niewiarygodnym rozmiarze 10240 na 11264 pikseli, gdyż miniatura w ogóle nie oddaje szczegółowości zdjęcia. Kilka ciekawostek technicznych:
  • Zdjęcie jest złożeniem obrazów ze 110 pól widzenia mikroskopu (10 w poziomie i 11 w pionie). Złożenie zajęło programowi jakieś 56 minut, a rezultat, zapisany w formacie .czi (możliwy do otwarcia tylko w oprogramowaniu mikroskopu) ważył skromne 220 MB.
  • Duży rozmiar zdjęcia spowodował, że komputer o całkiem sporej pamięci RAM uparcie odmawiał przekonwertowania go na TIFF.
  • Przekrój odpowiada mniej więcej diagramom 49-51 w atlasie The Rat Brain in Stereotaxic Coordinates George'a Paxinosa i Charlesa Watsona (absolutny must have każdego, kto zarabia na życie grzebaniem w szczurzym mózgu). Właśnie dzisiaj, w ramach pracy z tym atlasem odnalazłem na tym zdjęciu większość struktur - co oznacza mniej więcej tyle, że nauczyłem się w końcu odróżniać kolor bardziej zielony od mniej zielonego...





niedziela, 2 września 2012

Practice makes perfect.

O studiach rzecz prawdziwa...
Powyższy link prowadzi do tekstu bardzo w swej istocie prawdziwego. Warto by każdy przyszły naukowiec wbił sobie podstawową zasadę do głowy - że bez praktyki nie ma nic! Niczego nie będzie!
Dlatego trzeba łapać co się da, gdzie się da - często w formie taniej siły roboczej (nawet naszych wschodnich sąsiadów nie można mieć tak tanio jak studentów).
Czasem trzeba posprzątać myszom czy królikom, czasem pomyć masę szkła laboratoryjnego - czasem coś stłuc - czasem biegać z ankietami, czasem stać i przytakiwać... Ale każdy dzień może nas wplątać w coś ciekawego...
pozdrawiam serdecznie
cz.

piątek, 24 sierpnia 2012

Nowoczesność w labie i zagrodzie

Obecni pracownicy laboratoriów na całym świecie są w znacznie lepszej sytuacji niż jeszcze kilkanaście lat temu. Żyjąc w epoce różnego rodzaju kitów, gotowych zestawów i maszyn wykonujących za nich najcięższą robotę nieporównanie precyzyjniej i z mniejszym ryzykiem kontaminacji* oddalili się od pionierskich czasów nauki, kiedy rozmaici zapaleńcy pragnąc osiągnąć zadowalające rezultaty sami, z inwencją godną McGyvera, opracowywali podstawy metod badawczych, z których, po licznych modyfikacjach korzystamy do dzisiaj (wystarczy wspomnieć choćby o Karym Mullisie, który pierwszy PCR wykonał ręcznie regulując temperaturę namnażanej próbki).

Pomimo wkraczającej wielkimi krokami w laboratoryjny świat nowoczesności, która być może już wkrótce pozwoli wykonywać podstawowe badania DNA za pomocą tanich i ogólnodostępnych testów paskowych, jak to ma już miejsce choćby w analityce medycznej, wiele laboratoriów nadal stosuje rozmaite substancje, o których postronnym (to jest takim, którzy zgodnie ze słynną maksymą Arthura C. Clarke'a nie odróżniają wysoko rozwiniętej technologii od magii) obserwatorom nawet nie przyszło by pomyśleć, by wykorzystać je w sposób w jaki są wykorzystywane. Oto kilka przykładów:

Lakier do paznokci: w niektórych protokołach (kolejny znak nowych czasów: dostarczane przez producenta protokoły, które teoretycznie mówią, jak najefektywniej wykonać daną reakcję, a w praktyce działają po kilku drobnych modyfikacjach) reakcji immunohistochemicznych i ogólnie w przygotowaniu próbek do obrazowania mikroskopowego jest wykorzystywany do zamykania preparatów.

Odtłuszczone mleko w proszku: pomimo dostępności na rynku wielu substancji pozwalających na zablokowanie niespecyficznego wiązania przeciwciał w reakcji Western blot, najlepszą podobno opcją jest 10% roztwór mleka w proszku w TBST. Z kolei 5% roztwór jest podawany razem z I i II-rzędowym przeciwciałem.

Szampon do włosów: izolacja DNA już od dawna jest wykonywana przy pomocy przygotowanych przez firmy biotechnologiczne zestawów. Spotkałem się jednak z metodą izolacji DNA za pomocą szamponu do włosów (lub innego detergentu, jednak podobno najlepsze wyniki uzyskuje się, stosując szampon przeciwłupieżowy dość znanej firmy) oraz soli kuchennej. W sumie jednak, na ile się orientuję, nie jest to metoda stosowana powszechnie, więc o ile nie prowadzicie akurat nielegalnych badań nad klonowaniem w piwnicy, lub też wasze życie nie zależy od szybkiego określenia czyichś mutacji w genie BRCA1 na środku Sahary, raczej się z nią nie spotkacie.

Plastikowe tacki: da się z nich podobno zbudować całkiem sprawne urządzenie do elektroforezy (źródło w tym wypadku jest to samo co w wypadku szamponu do włosów). Wiele osób stosuje je jednak w znacznie bardziej prozaicznym celu, jako podstawki pod szkiełka mikroskopowe (które kosztują podobno dość dużo jak na kawałek plastiku, w sumie całkiem podobny do opisywanej przeze mnie tacki).

Rozmaite szklane opakowania: słoiki, butelki itp. mają w sumie najbardziej prozaiczne zastosowanie: w świecie, gdzie naczyń wszelkich rodzajów nigdy nie jest za dużo pełnią różne funkcje, od przechowywania eppendorfów po przenoszenie w nich materiału pobranego w trakcie biopsji śródoperacyjnych (choć w tym wypadku dużą rolę odgrywa średnica słoika - niekiedy patomorfolodzy narzekają na trudności z wyjęciem materiału z takiego prowizorycznego opakowania). Za czasów poprzedniego ustroju, gdy plastikowa butelka do hodowli była rzadkością, hodowle komórkowe prowadzono ponoć w płaskich butelkach po alkoholach** (podobnych, jak przypuszczam, do butelek po Becherovce). Podobno komórki czuły się w nich bardzo dobrze.

I tak dotarliśmy do końca naszego krótkiego przeglądu, który pokazuje, że pomimo coraz większej automatyzacji pracy w laboratorium, nadal wiele rzeczy można wykonać, mając pod ręką tylko przedmioty codziennego użytku. I tak będzie pewnie przynajmniej do czasu, gdy coraz doskonalsze maszyny całkowicie zastąpią ludzi przy laboratoryjnych blatach. Co, mam nadzieję, nastąpi jak najpóźniej.

*choć maszyny, podobnie jak ludzie, mają swoje własne pomysły. Przykładowo biorobot, którego używałem kiedyś na praktykach izolował wprawdzie 96 próbek DNA w czasie ok. 3 godzin, jednak codziennie zacinał się przynajmniej raz, a niepokoić należało się, gdy się nie zaciął. And it wasn't a bug, it was a feature.
** Butelki oczywiście wcześniej myto, jednak niedawno, przy zupełnie innej okazji, usłyszałem, że hodowle komórkowe rosną dobrze w obecności alkoholu, zdychają jednak, gdy alkohol usunąć. Kac morderca kontratakuje.

czwartek, 23 sierpnia 2012

Euraxess - okno na świat

Strona główna (odnośnik dostępny również w przydatnych linkach)

Jako biotechnolodzy nieraz zastanawialiśmy się nad możliwościami podjęcia pracy za granicą, jednak naszym głównym problemem był brak jakiegokolwiek "punktu zaczepienia". Lukę tę wypełnia projekt Komisji Europejskiej oraz European Union's Framework Programme for Research, nazywany Euraxess.

Strona projektu dzieli się na cztery główne działy, każdy odpowiadający innej inicjatywie, mającej wspomagać naukowców:

Jobs: jest to aktualizowana na bieżąco wyszukiwarka ofert pracy w laboratoriach, instytutach naukowych i przy rozmaitych projektach badawczych. Oprócz tego firmy mogą same wyszukać odpowiadającego ich kryteriom naukowca, który umieścił w portalu swoje CV.

Services: jest to szczególnie przydatna część projektu Euraxess: sieć ponad dwustu centrów w 40 krajach Europy, które pomagają naukowcom, a także ich rodzinie, przenieść się do nowego kraju w którym chcą oni podjąć pracę, i załatwić wszystkie związane z tym formalności, takie jak zakwaterowanie, wizy, opieka medyczna czy nauka języka.

Rights: pozwala zapoznać się ze wszystkimi informacjami dotyczącymi Europejskiej Karty Naukowca i Kodeksu Postępowania przy rekrutacji pracowników naukowych, informuje o prawach i obowiązkach badaczy oraz metodach pozyskiwania funduszy na badania.

Links: ta część jest tworzona przez europejskich naukowców pracujących poza Europą. Pozwala znaleźć informacje na temat badań prowadzonych w Europie, możliwościach kariery, czy współpracy międzynarodowej. Links działa również w Stanach Zjednoczonych, Chinach, Indiach, Japonii i Singapurze.

niedziela, 12 sierpnia 2012

Allen Brain Atlas

http://www.brain-map.org/

A growing collection of online public resources integrating extensive gene expression and neuroanatomical data, complete with a novel suite of search and viewing tools. 

Podczas prowadzenia badań z zakresu neurobiologii znajomość anatomii mózgu nieraz okazuje się przydatna. Tradycyjne, książkowe atlasy nie zawsze dają nam pełne wyobrażenie o tym jak dana struktura wygląda in vivo, o takich detalach jak dokładne miejsca ekspresji poszukiwanych przez nas białek nie wspominając. Sprzężony z bazą Allen Brain Atlas program Brain Explorer 2 (do pobrania tutaj) to użyteczne narzędzie, pokazujące trójwymiarową strukturę mózgu ludzkiego, mysiego (do wyboru mamy również developing mouse brain), naczelnych etc. Poszczególne części można podświetlić wybranym kolorem, obejrzeć je w dowolnym rzucie, a także, poprzez wbudowaną wyszukiwarkę zobaczyć miejsca ekspresji genów kodujących poszczególne białka.