Kolorowe obrazki

Zapewne każdy pracownik laboratoryjny spytany którą część swojej pracy lubi najbardziej, wspomni o ostatnim etapie wielu eksperymentów: oglądaniu rezultatów swoich działań pod mikroskopem. Dobrej jakości mikroskop konfokalny w połączeniu z odpowiednio dobranym zestawem przeciwciał potrafią stworzyć prawdziwe dzieła sztuki - przykładem mogą być chociażby zdjęcia wykonane w ramach projektu Brainbow, w którym każdy neuron jest wybarwiany na inny kolor.

Ja również miałem niedawno okazję porobić nieco zdjęć za pomocą mikroskopu konfokalnego - nie był to co prawda eksperyment na miarę nagrody Nobla, ot, ustalenie, które z przeciwciał w laboratorium, w którym odbywam praktyki działa, a które przeniosło się już do immunologicznego odpowiednika Krainy Wiecznych Łowów. Oto co ciekawsze rezultaty:

Zakręt zębaty hipokampu szczurzego przy powiększeniu 10x. W górnej części zdjęcia widoczna jest również kora mózgowa. Przeciwciałem pierwszorzędowym było tutaj (pożyczone - nasze nie działało) MAP2 - uwidacznia ono cytoszkielet komórki. Przeciwciałem drugorzędowym była zielona Alexa Fluor 488. Do uwidocznienia jąder komórkowych zastosowano DAPI (niebieski). Na fotce widać nieco artefaktów - spowodowane jest to zapewne tym, że piszący te słowa ma dwie lewe ręce, gdy przychodzi do nakładania skrawków na szkiełko...

Ten sam skrawek przy powiększeniu 20x. Uwidocznienie tubuliny przez MAP2 pozwala dostrzec aksony komórek nerwowych.

Inny skrawek, wybarwiony za pomocą markera neuronalnego NeuN oraz przeciwciała drugorzędowego Alexa Fluor 555 (jeden z pozostałych skrawków wybarwiłem za pomocą Texas Red, jednak to przeciwciało nie działało tak jak należy). DAPI jest dość słabo widoczne, a w dodatku kompresja pogorszyła jakość zdjęcia, ale można dostrzec, że w większości wypadków niebieskie jądra pokrywają się z czerwonym ciałem komórki.

I na koniec coś znacznie ciekawszego: 

W tym wypadku polecam jednak pobrać pełną wersję i rozkoszować się widokiem całej półkuli szczurzego mózgu w niewiarygodnym rozmiarze 10240 na 11264 pikseli, gdyż miniatura w ogóle nie oddaje szczegółowości zdjęcia. Kilka ciekawostek technicznych:

• Zdjęcie jest złożeniem obrazów ze 110 pól widzenia mikroskopu (10 w poziomie i 11 w pionie). Złożenie zajęło programowi jakieś 56 minut, a rezultat, zapisany w formacie .czi (możliwy do otwarcia tylko w oprogramowaniu mikroskopu) ważył skromne 220 MB.
• Duży rozmiar zdjęcia spowodował, że komputer o całkiem sporej pamięci RAM uparcie odmawiał przekonwertowania go na TIFF.
• Przekrój odpowiada mniej więcej diagramom 49-51 w atlasie The Rat Brain in Stereotaxic Coordinates George'a Paxinosa i Charlesa Watsona (absolutny must have każdego, kto zarabia na życie grzebaniem w szczurzym mózgu). Właśnie dzisiaj, w ramach pracy z tym atlasem odnalazłem na tym zdjęciu większość struktur - co oznacza mniej więcej tyle, że nauczyłem się w końcu odróżniać kolor bardziej zielony od mniej zielonego...