Apoptyny

Poniższy tekst powstał na podstawie wykładu doktora Marka Łosa z Linköping University który odbył się 21 lutego w Zakładzie Patomorfologii w szpitalu na Unii Lubelskiej w Szczecinie.

Apoptyny, czyli białka wirusowe preferencyjnie zabijające komórki nowotworowe zostały odkryte w 1992 przez Jeurissena i Noteborna. Przedmiotem ich badań był wirus CAV (Chicken Anemia Virus) - niewielki (wielkość genomu 2,3 kb) wirus o jednoniciowym, ujemnie spolaryzowanym DNA, odpowiedzialny za niszczenie erytrocytów lub tymocytów u młodych kur. Infekcja nim dorosłych zwierząt nie powoduje objawów, jednak obniża ilość zachorowań na nowotwory. Jeurissenowi i Notebornowi udało się wyizolować białko wirusowe odpowiedzialne za ten efekt (apoptyna VP3), a w latach późniejszych odkryto inne białka pełniące podobne funkcje, jak choćby apoptyna ludzkiego gyrowirusa czy apoptyna wirusa tero-torque która wykazuje szczególne powinowactwo do raków wątrobowokomórkowych. W roku 2011 zespół naukowców pod przewodnictwem Virginie Sauvage odkrył ludzkiego gyrowirusa o strukturze bardzo podobnej do CAV.

Po co i w jaki sposób wirusy indukują apoptozę?  Proces ten jest elementem strategii namnażania niektórych wirusów, ułatwiającym im uwolnienie się z komórki lub też wyeliminowanie komórek układu immunologicznego (tak działa np. wirus HIV). Co ciekawe, istnieją też wirusy działające w odwrotny sposób: herpeswirus 8, powodujący powstawanie mięsaków Kaposiego blokuje apoptozę. Badania wykazały, że w komórkach nienowotworowych apoptyna VP3 pozostaje w cytoplazmie, natomiast w komórkach nowotworowych to zasadowe, bogate w prolinę , pozbawione skomplikowanych struktur (takich jak helix-loop-helix) białko reaguje z podjednostką regulatorową  p85 kinazy PI3, co powoduje jej aktywację. Uaktywniona kinaza powoduje aktywację Akt (regulatora przetrwania/proliferacji), które wraz z apoptyną przemieszcza się do jądra komórki.

Schemat pochodzi z tej pracy.

Akumulacja apoptyny w jądrze powoduje szereg efektów, takich jak wydostanie się z jądra Nur77 który powoduje spadek poziomu białek Bcl-2 i Bcl-X i uwolnienie z mitochondriów cytochromu C (mitochondrialny szlak apoptozy). Co ciekawe, indukcja apoptozy przez apoptyny nie następuje poprzez receptory śmierci i jest niezależna od p53 - CAV wykorzystuje głównie szlaki metaboliczne, które są nadaktywne w komórkach nowotworowych - kierując Akt (którego, przez intensywną proliferację, jest w cytoplazmie dużo) do jądra i obniżając poziom Bcl-2 zarówno przez fosforylację CDK2 jak i przemieszczanie Nur77 do cytoplazmy. Jest to prawdopodobnie powód niedziałania apoptyn w zwykłych komórkach (jeśli spowodujemy ich transformację nowotworową, np. przez naświetlanie fibroblastów promieniami UVC, zaczną one obumierać - nie ma linii komórkowych odpornych na apoptyny).
Skoro apoptyny potrafią tak specyficznie niszczyć komórki nowotworowe, dlaczego nie używamy ich w praktyce klinicznej? Powodem jest ich niestabilność oraz fakt, że, będąc białkami, indukują one odpowiedź immunologiczną po podaniu do organizmu. Dr Łos mówił, że prowadzono próby leczenia apoptynami nowotworów skóry oraz gardła (co eliminowało problem dostarczenia jej do nowotworu), jednak określił je jako nieudane z powodu niestabilności apoptyny. Znalazłem jednak kilka źródeł mówiących o wspomaganiu leczenia apoptynami radioterapią, leczeniu raka jamy ustnej u myszy, próbach stworzenia nośników dla apoptyn a nawet wyjątkowo tajemniczy artykuł po chińsku o którym nie wiadomo nic, poza dość interesującym tytułem. Z kolei naukowcy z Linköping pracują nad wykorzystaniem nie całego białka, lecz jego fragmentów. Rezultaty mogą być interesujące.
Źródła:
Bullenkamp J, Cole D, Malik F, Alkhatabi H, Kulasekararaj A, Odell EW, Farzaneh F, Gäken J, Tavassoli M. Human Gyrovirus Apoptin shows a similar subcellular distribution pattern and apoptosis induction as the chicken anaemia virus derived VP3/Apoptin.

Flinterman M, Farzaneh F, Habib N, Malik F, Gäken J, Tavassoli M. Delivery of therapeutic proteins as secretable TAT fusion products.

Jeurissen SH, Wagenaar F, Pol JM, van der Eb AJ, Noteborn MH. Chicken anemia virus causes apoptosis of thymocytes after in vivo infection and of cell lines after in vitro infection.

Kooistra K, Zhang YH, Henriquez NV, Weiss B, Mumberg D, Noteborn MH. TT virus-derived apoptosis-inducing protein induces apoptosis preferentially in hepatocellular carcinoma-derived cells.

Maddika S, Bay GH, Kroczak TJ, Ande SR, Maddika S, Wiechec E, Gibson SB, Los M. Akt is transferred to the nucleus of cells treated with apoptin, and it participates in apoptin-induced cell death.


Maddika S, Booy EP, Johar D, Gibson SB, Ghavami S, Los M. Cancer-specific toxicity of apoptin is independent of death receptors but involves the loss of mitochondrial membrane potential and the release of mitochondrial cell-death mediators by a Nur77-dependent pathway.

Maddika S, Rao Ande S, Wiechec E, Hansen LL, Wesselborg S, Los M Akt-mediated phosphorylation of CDK2 regulates its dual role in cell cycle progression and apoptosis

Sauvage V, Cheval J, Foulongne V, Gouilh MA, Pariente K, Manuguerra JC, Richardson J, Dereure O, Lecuit M, Burguiere A, Caro V, Eloit M. Identification of the first human gyrovirus, a virus related to chicken anemia virus.

Schoop RA, Baatenburg de Jong RJ, Noteborn MH. Apoptin induces apoptosis in an oral cancer mouse model.

Schoop RA, Verdegaal EM, Baatenburg de Jong RJ, Noteborn MH. Apoptin enhances radiation-induced cell death in poorly responding head and neck squamous cell carcinoma cells.


Sun LL, Jin NY, Xiao L. Anti-tumor effects of apoptin gene on human laryngeal carcinoma Hep-2

Zhang YH, Abrahams PJ, van der Eb AJ, Noteborn MH. The viral protein Apoptin induces apoptosis in UV-C-irradiated cells from individuals with various hereditary cancer-prone syndromes.

Nadal mamy wszystkie palce...

... metalowe/kevlarowe (gdy ktoś ma inną proporcję wielkości dłoni do długości palców niż zakładali producenci) rękawice czynią cuda. Po krótszym lub, w moim przypadku, dłuższym czasie udało nam się opanować sztukę robienia myszom zastrzyków. Kolega skierowany na ergi opanowuje sztukę robienia zastrzyków po ciemku. Nauczyliśmy się też pobierać myszom oczy (w poniedziałek mamy już pobierać Ważne Oczy), a także uczestniczyliśmy w izolacji komórek macierzystych z mysiego szpiku, wprawdzie był to najmniej twórczy etap, oczyszczania kości z mięsa (kości na izolację, mięso do chińskiej restauracji do worka; dodatkowo, jako, że myszy były transgeniczne, mięśnie miały kolor żółtozielony i świeciły w ciemnościach), ale powoli się rozwijamy.

Zakładowy szczur jest mniej towarzyski niż pisałem ostatnio, bystry jest natomiast nieprzeciętnie - widzi podobno słabo, ale koleżankę, która wyjęła go z klatki ugryzł bezbłędnie, po czym próbował zrejterować za lodówkę (pod względem szukania okazji do ucieczki, szczury są znacznie sprytniejsze od myszy).

STN CM UJ w końcu zamknęło rejestrację abstraktów, czekamy więc na ogłoszenie wyników i powoli przygotowujemy się do wysyłania naszego streszczenia na inne konferencje. A propos: dzisiaj na moim drugim kierunku pani od Integrated skills nieopatrznie spytała, czy ktoś wie co takiego jest w pępowinie, że naukowcy tak się nią interesują. I tu właśnie wychodzi dość w sumie częsty problem - mówić o znanej sobie dziedzinie w taki sposób, żeby było to zrozumiałe dla osób nie obeznanych z tematem.  Starałem się jak mogłem, zresztą mówiąc po angielsku nie było mi dane się zanadto rozkręcić. Na szczęście.

A na koniec, rzecz na pewno ciekawa: w czwartek uczestniczyłem w wykładzie doktora Marka Łosa z Uniwersytetu w Linköping dotyczącym roli apoptyn w zwalczaniu nowotworów. Zagadnienie jest dość interesujące, toteż wkrótce poświęcę mu osobną notkę. Stay tuned.

Getting serious

We wtorek, w ramach przygotowania do magisterki, mamy uczyć się robić myszom zastrzyki. W sumie jest to całkiem podobne do robienia zastrzyków ludziom, z kilkoma zasadniczymi wyjątkami:
- mniejszy i w dodatku dość ruchliwy cel;
- cel broni się zębami oraz bronią biologiczną (z drugiej strony niż zęby);
- w przypadku myszy płci męskiej istnieje możliwość przypadkowego umieszczenia igły w miejscu, gdzie boli każdego faceta, niezależnie od gatunku.
O wynikach poinformujemy później. O ile zostaną nam jakieś palce.

Jeśli już o gryzoniach mowa, mamy w końcu w zakładzie szczury. Jeden był nawet dość towarzyski, ale usłyszawszy o symbolice szczurzego ogona u Freuda chyba stwierdził, że nie znajdzie z nami wspólnego języka i przeszła mu ochota na interakcję społeczną z nami.

Organizatorzy konferencji w Krakowie postanowili potrollować nadsyłających zgłoszenia - pierwotny termin przesyłania abstraktów minął 10 lutego, ale został przesunięty o 5 dni, a obecnie upływa 19 lutego. Przyjmujemy zakłady, czy wyrobią się przed końcem miesiąca.

Dla zabicia czasu czytam książkę Gambarellego i Łuckiego Jak przygotować pracę dyplomową i doktorską. Dziełko dość sympatyczne, choć niekiedy uroczo nieaktualne - jak choćby we fragmencie w którym autorzy doradzają, jak zaznaczać poprawki by maszynistka (dla młodszych czytelników: nie jest to kobieta prowadząca pociąg, lecz osoba zajmująca się zawodowo przepisywaniem prac na maszynie, obecnie zawód prawdopodobnie wymarły) wiedziała jak je wprowadzić, czy też podrozdział traktujący o cytowaniu prac rosyjskojęzycznych, ponieważ wiele zachodniej literatury naukowej, w szczególności dotyczącej techniki zostało przetłumaczone na język rosyjski, a nie każdy student zna języki zachodnie.  знаю ни одного западного языка?

Tymczasem, w ramach ogólnie pojętej "pomocy w labie" Ag i Mi zajmują się produkcją (a właściwie filtrowaniem) wody mineralnej dla myszy, przy pomocy wzbudzającej respekt swoimi gabarytami i oldschoolowym (nasuwa mi skojarzenia z drugowojenną Superfortecą) wyglądem maszyny nazwanej przez nas odsysaczem, względnie obsysaczem - nazwy oficjalnej nie znam.

Zwirować, a nie zwariować.

Choć teraz ferie - to w labie praca wre. Zdarzają się momenty kiedy pracujemy pod wyciągiem, nie na 4, a na 6 rączek.
Tematy prac magisterskich zostały ustalone i każdy z nas zapoznaje się powoli z realiami laboratoryjnymi, które umożliwią przeprowadzenie badań i eksperymentów  Mi grzebie po śmietnikach w poszukiwaniu myszy, Ma czyta poradniki o problemach wychowawczych szczurzych matek, a my z An próbujemy znaleźć metodę wirowania krwi pępowinowej tak, żeby większość interesujących nas komórek nie rozplaskiwała się na ściankach falconów. I z naszych eksperymentów polecam patent na przerwę obiadową - nastawić wirowanie na pół godziny z break równym zeru. :) Wirówka będzie rozpędzać się, wirować i zwalniać w czasie, w którym zdążycie spokojnie wszamać dwa dania i deser :D
Z innych ciekawych doświadczeń - rejestrujemy abstrakt na swoją pierwszą konferencję! I powiem, że nie jest łatwo...

Jak zostałem szczurzą niańką...

... a w przyszłości zapewne jeszcze nauczycielem wdżwr, sprzątaczką i swatką, bo szczury chwilowo albo się nie rozmnażają, albo robią młodym śliski kocyk, a sobie sesję zdjęciową na koniu (a nie, to nie ta bajka), tym sposobem blokując rozpoczęcie przeze mnie magisterki. Zresztą gryzonie chyba generalnie mnie nie lubią, latem w Warszawie myszy też rozmnażały się dość opornie, choć prawdopodobnie była to wina mutacji jaką miały. W ramach poczynienia kolejnych obserwacji planuję wyjazd na wieś, żeby sprawdzić czy kury przestaną się nieść.

O, to będzie moje wyjście awaryjne.

Prace magisterskie rozkręcają się wprawdzie powoli, ruszyło się natomiast w kwestii koła naukowego - przygotowaliśmy listę konferencji na które chcielibyśmy pojechać - starczyło nam fantazji na jakieś pół Polski a także kawałek Europy (Maastricht, Berlin, Koszyce), profesor mówił, że gdybyśmy pojechali na choćby 1/3 tych konferencji, byłoby bardzo dobrze (spodobały mu się Koszyce - sprawdziliśmy wstępnie możliwości transportu i tu ciekawostka: aby dostać się tam samolotem, należałoby lecieć z Goleniowa do Warszawy, z Warszawy do Berlina, z Berlina do Pragi i stamtąd do Koszyc, więc droga powietrzna odpada. W najgorszym wypadku zbierzemy drużynę i wyruszymy pieszo). Chwilowo jesteśmy na etapie pisania abstraktu (w Krakowie zażyczyli go sobie na 10 lutego i to po angielsku, a konferencja będzie dopiero w kwietniu).
A jutro, w ramach przygotowania do badania siatkówki u gryzoni idziemy na OCT - chwilowo na myszach, u których w przeciwieństwie do szczurów, jest ponoć dość wesoło (jak w akademiku na wiosnę, i nawet wystrój trochę podobny)

Jedenaste: nie zanudzaj

Kiedy w poniedziałek siedziałem na zajęciach z praktycznej nauki metod analitycznych (fakultet, który mamy razem z pierwszym rokiem) przyglądając się prezentacjom przygotowanym przez młodszych kolegów, uderzyło mnie, jak wielu z nich nie ma pojęcia, jak taką prezentację przygotować. Zresztą, co tam pierwszy rok, wielu naszych kolegów ma ten sam problem. Nie mówię tu o samym prowadzeniu wykładu (sam mówię zdecydowanie za szybko i niekiedy gubię się w tym co mówię), ale o takich opracowaniu slajdów, by sam ich widok przyciągał uwagę słuchacza. Słusznie to zauważyła współautorka bloga, na widok kolejnej ściany tekstu serwowanej nam przez dwie panie mówiąc "nic się po naszej prezentacji nie nauczyli".

Właśnie, ściana tekstu, to pierwsza rzecz, którą chciałbym tu omówić. Wynika z lenistwa (najczęściej), głupoty (niewiele rzadziej) i nieumiejętności "wczucia się" w rolę słuchacza. Polega na wklejeniu (na ogół bezpośrednio z wikipedii, lub co gorsza z Google Translatora) dość długiego tekstu, na ogół czcionką rozmiaru 10, żeby więcej się zmieściło i żeby co bardziej dociekliwy widz nie zauważył błędów językowych, przecinków w niewłaściwych miejscach lub, w niektórych przypadkach, dość widowiskowego orta*. Dodajmy do tego czytanie całego tekstu monotonnym, niezbyt wyraźnym głosem i już mamy przepis na to, żeby pół sali usnęło, a drugie rzucało wszetecznicami przy każdej zmianie slajdu.
Zresztą, różnica między czymś takim (tak, Google Translator):

 Aktynina jest białkiem mikrowłókien. α-aktynina jest niezbędne do zamocowania włókien aktyny do Z-linie w komórkach mięśni szkieletowych, a także do gęstych organów w komórkach mięśni gładkich.Funkcjonalne białko przeciwrównolegle dimer, które sieciujących cienkich włókien w przylegających sarkomerów, i w związku z tym między skoordynowane skurcze sarkomerów w osi poziomej.

Non-α-actinins sarkomeru (ACTN1 i ACTN4) są powszechnie wyrażane. Oba końce w kształcie pręta α-aktyny aktynina dimeru zawierają domeny wiążące.

Mutacje w ACTN4 może powodować choroby nerek ogniskowej segmentowe stwardnienie kłębuszków nerkowych.

A czymś takim:

Slajd pochodzi z przygotowanej przez nas w zeszłym roku prezentacji "Doping genowy - czy nadchodzi era genogladiatorów?"

Jeśli ktoś jest wybitnie ścisłym umysłem, to podobno idealna proporcja tekstu na slajdzie to 6 linijek, po 6 słów w każdej. Kominek w szczecińskim seminarium dla blogerów, w którym miałem okazję uczestniczyć, podał też proporcję "jeden obrazek na 2000 znaków", choć moim zdaniem w prezentacjach obrazków powinno być nawet więcej (ideałem byłaby prezentacja bez tekstu, ale przyjmijmy, że jesteśmy leniwi).

A skoro już o obrazkach mowa:
Oprawa graficzna to bardzo ważny element prezentacji. Dobrze dobrana, ułatwia "sprzedanie" tematu słuchaczom, a im samym zapamiętanie tego, co przekazujemy. Ilustracje "rozbijają" ścianę tekstu na bardziej strawne fragmenty (jak wiadomo, pamięć krótkotrwała zapamiętuje od 2 do 7 porcji informacji jednocześnie - stąd też być może proporcja "6 na 6") Obrazki mogą pełnić trzy zasadnicze funkcje:

• Skojarzeniową - taką właśnie pełni w przedstawionym wyżej slajdzie ów biegnący człowieczek, ułatwia on wzrokowe zapamiętanie slajdu o aktyninie. Jeśli prezentację przygotowujemy w grupach, warto urządzić burzę mózgów na temat "co nam się kojarzy z danym tematem" i na tej podstawie dobierać ilustracje.
• Informacyjną - czyli wszelkie wykresy, tabele i schematy (na slajdzie o aktyninie mamy np. schemat tworzenia się różnych wariantów białka). Jeśli chcemy opisać jakiś proces, warto sprawdzić, czy w internecie nie ma jego schematu - zaoszczędzimy czas i unikniemy pokusy zbudowania kolejnej ściany tekstu.

  
Schemat reakcji far-western blot, który wykorzystaliśmy w naszej ostatniej prezentacji.

• Humorystyczny wstęp/przerywnik - przoduje w tym wspomniany w poprzedniej notce Hiszpan, który na początku każdej prezentacji zamieszcza jakiś związany z tematem żart lub komiks. 

  
Podobną funkcję pełnią też zdjęcia kotów lub innych zwierząt** umieszczane na końcu prezentacji.

Jeśli ktoś w czasie przygotowywania prezentacji nudzi się wybitnie, może pobawić się w tworzenie spójnej szaty graficznej dla całej prezentacji. Nam zdarzyło się to może dwa razy, przy Erze Genogladiatorów (naprzemiennie slajdy w czarnej i białej kolorystyce, dużo obrazków w stylu tego biegnącego człowieka) i na prezentacji z enzymologii, bodajże o wirusowych genach w ludzkim DNA, która była czarna, a na wszystkich obrazkach przewijał się motyw puzzli. Ostatnimi czasy odeszliśmy zresztą od ciemnych kolorów, bloty np. były żółtopomarańczowe.

Wiem co mówię... albo i nie.
Jedna z grup prezentujących na poniedziałkowym wykładzie miała dość wyboistą drogę - jeden z jej członków tak zamotał się w tym co mówił, że w końcu jego koleżanka nie wytrzymała, przerwała mu i dokończyła omawianie slajdu za niego. Zdecydowanie, warto jest przeczytać prezentację przed zaprezentowaniem, choćbyśmy nawet zamierzali pójść na łatwiznę i czytać ze slajdów. Pewnego dnia może się przecież znaleźć ktoś, kto będzie miał jakieś pytania. Skrajny przypadek widziałem, będąc na pierwszym roku (kiedy też nie umiałem robić prezentacji) - kolega, który był z nami w grupie dał nam telefon, który następnie wyłączył na jakiś tydzień, z zajęć też zniknął, a kiedy postawiliśmy już na nim krzyżyk, pojawił się nagle na zajęciach, na których mieliśmy przedstawić prezentację. Kazaliśmy mu czytać, szło mu, delikatnie mówiąc, nie najlepiej. Swoją drogą, kolega wkrótce zniknął definitywnie.

Wyprawiając się do źródeł, uważaj, aby nie zbłądzić w stronę Bullshit Mountains
Przykład z zeszłego roku: dwie koleżanki przygotowały prezentację na temat klonowania. Do pewnego momentu szło dobrze, bez szału ale i bez jakichś widowiskowych wtop. Prezentacja miała się ku końcowi, gdy koleżanki uznały za stosowne wspomnieć o Raelianach finansujących Clonaid. I to nie w kontekście, powiedzmy, rozrywkowym, ale z pełną powagą, łącznie z tym, że podobno już kogoś tam sklonowali.

Wracając na Ziemię: prezentacja to nie notka na blogu, w której, znów cytując Kominka, subiektywizm jest nawet wskazany (opinie, nie fakty, fakty to można na portalu z newsami zobaczyć). Warto poszukać informacji w kilku źródłach (uwaga - naukowych, nie pseudonaukowych). Wspomniane koleżanki wkrótce po rewelacjach o kosmitach przygotowały prezentację o etyce w biotechnologii, którą prowadzący zajęcia określił później jako "45 minut nauki Kościoła" (osobiście uwzględniłbym to, ale ze stanowiskami innych religii, jak również świeckimi). Inny przykład to prezentacja o GMO przygotowywana przez pierwszy rok, po której wiele sobie obiecywałem, niestety sprowadziła się ona głównie do zachwytów nad prof. Seralinim - bez pokazania stanowiska drugiej strony, choć zapewne nie ze względu na brak źródeł. Bardzo brakowało mi też wtedy czasu na dyskusję (moim zdaniem zadawanie prezentacji bez późniejszej dyskusji nad nimi nie ma większego sensu).

Podsumowanie:
Aby przygotować dobrą prezentację, nie wystarczy wkleić na slajdy tekstu z wikipedii/abstraktu losowej pracy którą znajdziemy na PubMedzie. Warto poświęcić trochę czasu, może nawet niekoniecznie żeby zainteresować kogoś tematem, ale żeby przede wszystkim nie zanudzić go na śmierć.

Ja również mam nadzieję, że nie zanudziłem was wszystkich.



*Autor zna ludzi, którzy po 3 latach studiowania konsekwentnie piszą "biohemia".
** W rzadkich przypadkach własnych dzieci.

EBM - czyli medyczna spychologia.

Evidence - Based Medicine - taki górnolotny tytuł miała konferencja, której słuchaczami (bo na dyskusję jako taką zabrakło czasu) mieliśmy okazję być w poprzednim miesiącu.
Zaproszeni goście i mówcy byli ludźmi skutecznie publikującymi już od studenckich lat (tak przynajmniej mi się wydawało) i w dobrej wierze starali się nam przekazać w ciągu swoich 45 - 90 minut wykładów całą istotę przygotowania i wykonania badań, od statystycznego ich opracowania do ostatecznego zamieszczenia w czasopiśmie o wysokim Impact Factor :)
Tak więc z pierwszych prezentacji padło wiele mądrych rad, wiele cennych wskazówek jak czytać prace przeglądowe, czy jak skracać tematy, bo w końcu te największe miały tematy zwięzłe - jako przykład powołano się nawet na Marię S-C czy Kopernika. Ogólnie wniosek z tego był taki, żeby całej pracy w tytule nie zawierać. Amen.
Z kolei pan statystyk rozpoczął swój wykład niefortunnym, jeśli o nas chodzi, zdaniem, które parafrazując brzmiało, że nie musimy wiedzieć jak program statystyczny działa, tylko mamy wiedzieć co my od tego programu chcemy.
Zaprzecza to naukom Hiszpana (naszego wykładowcy od pierwszego roku studiów, z którym przebrnęliśmy przez Matematykę ze statystyką, Bioinformatykę i teraz brniemy przez Biostatystykę), który od początku naszej znajomości z nim i platformą R wpaja nam, że przede wszystkim mamy zrozumieć podstawy programu, żeby ewentualnie móc potem z niego świadomie korzystać. Ile osób u nas na roku spełni ten warunek? Może statystyka Bayesa mogłaby nam na to odpowiedzieć.
Ostatecznie konkluzją jak zwykle była Gloria w kierunku P (p-value, Pi czy jak kto tam to nazywa) i na tym referat się zakończył, a wyzuci z wszelkich uczuć i przemyśleń po 90 minutach statystyki studenci innych kierunków wyszli na przerwę kawowo-muffinkową :D
No i ostatni wykład, o którym krótko wspomnę, o sensie prowadzenia badań naukowych - oczywiście nie wszystkich - ale sporą część pewnie można by było do tego podciągnąć. Bo tak naprawdę z wszystkiego da się wyciągnąć p-value (mniejsze lub większe) ale pytanie - czy zawsze jest sens? Bo dla kogo są prowadzone badania nad ryzykiem zachorowania w piątek 13-go?
A z drugiej strony - nikt nie prowadził nigdy badań nad tym, czy spadochron wpływa na przeżywalność wśród skoczków. A mimo to, nikt nie zaprzeczy że p-value będzie tu spore. Tylko jak do takich badań dobrać grupę kontrolną? Może z samych badaczy?

Ogólnie cały sens tego w tym, żeby nasze badania komuś się potem przydały. Żeby wniosły coś do diagnostyki, leczenia czy choćby do dalszych badań. I myślę, tu też o eksperymentach, które pokazują, że nie tędy droga...

Bo potem jacyś lekarze, diagnozując na podstawie objawów czy wyników laboratoryjnych i molekularnych, powiedzą, że w takiej publikacji, o tym i o tym, ktoś badania robił, że to będzie świadczyło o tej i o tej chorobie. Nie nasza wina, że źle zdiagnozowaliśmy. Odpowiedzialność badań naukowych jest spora, i mimo, że nie zwalnia nikogo potem z myślenia, warto o tym pamiętać robiąc wszelkie publikacje.

To tyle, a teraz lecę bo zgłosiłam się dziś na badania umiejętności odróżniania brandy od whisky. 

Ciao!

Behind the scenes

Oto potęga social media: dowiedzieć się o istnieniu tagu #OverlyhonestMethods na twitterze z facebooka, aby następnie opisać go na blogu, założonym na platformie należącej do Google. Dla nietweetujących wyjaśnię pokrótce, że wszelkie tweety opatrzone wspomnianą etykietką można wygodnie przeglądać w jednym miejscu (idea starsza niż internet). Ciekawa jest natomiast idea owego taga: dzielenie się przez naukowców rozmaitymi dziwnymi, zabawnymi oraz niekonwencjonalnymi metodami pracy. Oto kilka przykładów:

Inkubacja trwała 3 dni, ponieważ dopiero wtedy doktorant przypomniał sobie o eksperymencie.

 pH buforu B było ustalone za pomocą HCl... potem za pomocą NaOH... a potem znów za pomocą HCl

(to akurat zdarzyło mi się w Warszawie - skończyło się na tym, że bufor prawie nie mieścił się w zlewce, a pH nijak nie chciało osiągnąć zamierzonego poziomu)

Próbki krwi zostały zwirowane przy 1500 rpm, gdyż wirówka wydaje straszne odgłosy przy wyższych prędkościach.

(w sumie należę do paranoików, którzy po włączeniu wirówki odsuwają się na teoretycznie bezpieczną odległość)

Nie podpisałem probówek, ale sądząc po wynikach, ta musi być próbą kontrolną.

 Użyliśmy Bayesian latent variable multilevel regression, bo w tym czasopiśmie publikują tylko badania wykonane za pomocą nowych, fajnych metod.

Nie podejmuję się przetłumaczenia tej nazwy, nie tylko dlatego, że jutro mam zaliczenie z Bayesa.

Sprawdziliśmy teorię na magistrantach, bo są tani i łatwo dostępni.

W przeciwieństwie do myszy, sami przychodzą do zakładu?

Użyliśmy tej metody statystycznej, bo miała najmniej greckich liter.

Zmieniliśmy technikę, bo darmowy kod działa tylko pod Linuxem, a my chcemy zachować zdrowie psychiczne.

Akurat dla nas już za późno...

Próbki były przechowywane w -80 stopniach, zamiast, jak mówi protokół, w -60, bo nikt nie umiał zmienić ustawień zamrażarki.

 Próbki sortował ekspert (student-wolontariusz, który w życiu tego nie robił)

To samo napiszą o tym...

Maszyna do PCR się zepsuła, więc użyliśmy starszej metody: blendera i stopera.

Kary Mullis style! 

Użyliśmy tej linii komórkowej, bo akurat leżała w lodówce.

Dopisaliśmy jako współautora pracy technika z laboratorium, bez którego pierwszy autor do dzisiaj nie wiedziałby, jak obliczyć stężenie molowe.

Eksperyment był powtarzany ręcznie co 6 godzin, ponieważ doktoranci są tańsi niż zautomatyzowany sprzęt.

W sumie, poza podobnymi do wyżej opisanych, nie przypominam sobie wielu historii tego typu, chociaż, na przykład, w zeszłym roku przeprowadziliśmy szkiełko przez szereg alkoholowy w kolejności stężeń 90%, 80%, 100% przez połowę czasu ("- spoko, nikt nie widział... - a jak to wyjdzie? - to włóżmy do setki na chwilę"), a będąc w Warszawie dowiodłem eksperymentalnie, że falkony 50 ml nie najlepiej znoszą autoklawowanie, gdy są zakręcone na maksa (w sumie próbka była mała, wynosiła 1 falkon, ale rezultaty są zapewne powtarzalne).

Idą święta...

... a wraz z nimi czas wolny. Można go spędzić mniej (pierwsze z dzisiejszych propozycji) lub bardziej produktywnie.

Propozycja pierwsza: Pandemic 2 Co prawda Majowie lekko się machnęli co do końca świata, ale jeśli chcemy, możemy sobie go sami zmajstrować. Grę stworzyli prawdopodobnie sfrustrowani mikrobiolodzy, grając można się dowiedzieć między innymi, że rządy państw potrafią zamknąć lotniska i porty na wieść o wirusie, który nie daje żadnych objawów i którego nosicielami jest raptem tysiąc osób w Rosji (gdyby tak było naprawdę, wirus EBV sparaliżowałby cały świat...), a najbezpieczniejszym w przypadku epidemii państwem jest Madagaskar (grając kilka razy można naprawdę znienawidzić tę wyspę...). Pomimo tych dziwactw, grę da się wykończyć ukończyć.

Mouse Party  to raczej coś w temacie Sylwestra*. W sumie dużo do roboty tu nie mamy, możemy natomiast dowiedzieć się, w jaki sposób alkohol/narkotyki wpływają na pracę mózgu. Coś w sam raz dla neurobiologów-wzrokowców.

I na koniec coś dla pracoholików, którzy nawet świąt (jakichkolwiek) nie mogą przeżyć bez wnoszenia wkładu w naukę - Foldit. Twórcami była grupa naukowców zajmujących się fałdowaniem białek, którzy doszli do wniosku, że zamiast samemu myśleć nad wszelkimi możliwymi sposobami zwinięcia się, warto nadać temu atrakcyjną wizualnie formę, dodać licznik punktów (im wyższa punktacja, tym mniej ułożone przez nas białko łamie prawa fizyki), wrzucić do internetu i czekać, aż ktoś zrobi to za nich. Na początek mamy 32 poziomy tutoriala, choć już po 21 możemy przejść do badania prawdziwych białek, choć o znanej już sekwencji.

Wyższa szkoła jazdy zaczyna się, gdy użytkownik dostaje "do zrobienia" białka o nieznanej jeszcze strukturze - są one dostępne przez jakiś czas, a potem najlepiej punktowana propozycja jest sprawdzana krystalograficznie. Co ciekawe, jedne z lepszych wyników uzyskują nastolatki - niektóre zostały nawet współautorami prac naukowych Zresztą, prawo Murphy'ego głosi: "cokolwiek robisz, gdzieś na świecie jest dwunastoletni Azjata, który robi to lepiej od ciebie"...

 (młody zaczął grać na gitarze mniej więcej w tym roku co ja)



* Odradzam jednak świętowanie go w podobny sposób.

Kup mi tipsy, zrobię ci pracę

Podczas cowieczornego sprawdzania, czy pod moją nieobecność internet się nie zawalił, trafiłem na fejsie na następujący wpis:

Admin fanpejdża, sądząc po planach zmiany nazwy na "gardzę korwinistami i Palikotem", liczył zapewne na wywołanie u czytelników oburzenia w stylu "obcy kapitał przejmie naszą naukę", względnie potraktowanie tego jako lolcontentu (na co dzień jest łatwiej, z Korwinem mam kontakt głównie przez felietony w Angorze, lolcontent sam w sobie). Jednak kilka osób skomentowało całą sprawę dość ciekawie:

   Chyba czegoś nie czaję... bo dla mnie pomysł jest genialny!
Wreszcie skończyłyby się badania typu "wpływ wierszy Słowackiego na postrzeganie życia muchy owocówki" a kasa szłaby na przydatne projekty!!!

Może akurat nie tyle Słowacki, co choćby takie doniosłe badania

  Przyznaję, że też nie wiem w czym obecny system jest lepszy od tego "palikotowego"

Ja też jeszcze nie wiem, w sumie jestem na etapie wyrabiania sobie opinii. Przyznam, głosowałem na RP, obecnie jestem nieco rozczarowany, przede wszystkim poparciem reformy emerytalnej i histerycznym podejściem do GMO.

A to nie jest pomysł podobny do tego co się dzieje w USA? Jak szczerze nie cierpię tego kraju, tak trzeba przyznać, że pod względem technologicznym wyprzedza inne kraje świata. Z tego co kojarzę [a mogę się mylić] często naukowcy współpracują z wojskiem, który po kilku latach wypuszcza ich pomysły na rynek komercyjny. Pomysły się nie marnują, naukowcy mają pole do popisu, ludzie na tym też korzystają.

Ot właśnie. Amerykanie to wprawdzie dość dziwny naród, najpierw do siebie strzelają, a potem twierdzą, że jakby dostęp do broni był jeszcze szerszy, to mniej by do siebie strzelali (w sumie to też wpływ biznesu, tym razem producentów broni), ale faktem jest, że pod względem liczby nagród Nobla wyprzedzają inne kraje o kilka długości. Choć moim zdaniem, przyszłość będzie tu należeć do Chin - mają większy potencjał, rząd mocno wspiera naukowców i, choć to może argument z ciemnej strony nauki, mają dość swobodne podejście do kwestii bioetycznych*

 Ja chyba czegoś nie czaję, bo na Zachodzie tak jest od wielu lat i to się całkiem nieźle sprawdza. Prowadzi to na pewno do jednego: naukowcy prowadzą badania, bo mają świadomość, że jeśli im się uda, będą mieli zapewniony byt na kilka kolejnych lat. Oprócz tego, kiedy pomysł uda się dobrze "sprzedać", to te podmioty komercyjne inwestują sporą kasę w sprzęt, który zostaje potem do użytku np. studentów. A jak jest u nas? Naukowcy klepią masakryczną biedę, zarabiając 1,5 zł na rękę i pracując na sprzęcie w większości pamiętającym PRL. Nie pomnę już studentów, którzy często pracują na laborkach na prehistorycznym sprzęcie, a probówki i klamerki kupują za swoją kasę (true story).

My mamy w sumie szczęście, dotuje nas Unia, ale sprzęt widzieliśmy już różny, różne też słyszeliśmy historie (o myciu tipsów do pipet chociażby, a izolacji DNA za pomocą szamponu do włosów poświęciłem kiedyś notkę)

  pomysł nie jest zły, jeśli nie zostanie potraktowany jako uniwersalna zasada. A niestety w tym kraju szuka się ciągle uniwersalnych rozwiązań

I to chyba najlepsze podsumowanie: na pewno system finansowania nauki przez biznes nie będzie działał dobrze przy naukach humanistycznych, czy takich, które nie przynoszą natychmiastowych zysków (wystarczy wspomnieć, ile czasu zajmuje wprowadzenie leku na rynek - choć zyski z przemysłu farmaceutycznego są niemałe**). Tak samo, jak nie działa dobrze żadna ustawa traktująca wszystkie przypadki identycznie, o czym co rusz możemy się dowiedzieć z wiadomości. Liczę też, że przed wprowadzeniem (choć pomysły RP na ogół znikają gdzieś w Sejmie) tej, lub podobnej ustawy, zostanie ona skonsultowana z naukowcami - nie tylko tymi od oceny teologiczno-moralnej statusu ludzkiego embrionu w kontekście praktyki in vitro czy ekspertami od lotnictwa.

* Przykład zasłyszany w instytucie Nenckiego: w Chinach badano pacjentów z epilepsją, pobierając im przy okazji jakiegoś zabiegu (który i tak musieli mieć) wycinki mózgu. Niby wszystko w porządku, badanie miało jednak grupę kontrolną: jakimś cudem znaleźli 16 całkiem zdrowych ludzi, którzy dali sobie pobrać wycinek mózgu. Podejrzane.
** Choć raczej nie takie, jak chcieliby zwolennicy teorii spiskowych, twierdzący, że koncerny farmaceutyczne to masoni i reptilianie, którzy wpływają na rządy by truć obywateli, a następnie sprzedawać im leki, a w ogóle to powinniśmy się cofnąć do czasów prehistorycznych, gdzie wszyscy byli zdrowi, nikt nie miał raka i wszyscy żyli po 30 lat.