poniedziałek, 28 stycznia 2013

Jak zostałem szczurzą niańką...

... a w przyszłości zapewne jeszcze nauczycielem wdżwr, sprzątaczką i swatką, bo szczury chwilowo albo się nie rozmnażają, albo robią młodym śliski kocyk, a sobie sesję zdjęciową na koniu (a nie, to nie ta bajka), tym sposobem blokując rozpoczęcie przeze mnie magisterki. Zresztą gryzonie chyba generalnie mnie nie lubią, latem w Warszawie myszy też rozmnażały się dość opornie, choć prawdopodobnie była to wina mutacji jaką miały. W ramach poczynienia kolejnych obserwacji planuję wyjazd na wieś, żeby sprawdzić czy kury przestaną się nieść.
O, to będzie moje wyjście awaryjne.

Prace magisterskie rozkręcają się wprawdzie powoli, ruszyło się natomiast w kwestii koła naukowego - przygotowaliśmy listę konferencji na które chcielibyśmy pojechać - starczyło nam fantazji na jakieś pół Polski a także kawałek Europy (Maastricht, Berlin, Koszyce), profesor mówił, że gdybyśmy pojechali na choćby 1/3 tych konferencji, byłoby bardzo dobrze (spodobały mu się Koszyce - sprawdziliśmy wstępnie możliwości transportu i tu ciekawostka: aby dostać się tam samolotem, należałoby lecieć z Goleniowa do Warszawy, z Warszawy do Berlina, z Berlina do Pragi i stamtąd do Koszyc, więc droga powietrzna odpada. W najgorszym wypadku zbierzemy drużynę i wyruszymy pieszo). Chwilowo jesteśmy na etapie pisania abstraktu (w Krakowie zażyczyli go sobie na 10 lutego i to po angielsku, a konferencja będzie dopiero w kwietniu).
A jutro, w ramach przygotowania do badania siatkówki u gryzoni idziemy na OCT - chwilowo na myszach, u których w przeciwieństwie do szczurów, jest ponoć dość wesoło (jak w akademiku na wiosnę, i nawet wystrój trochę podobny)



czwartek, 17 stycznia 2013

Jedenaste: nie zanudzaj

Kiedy w poniedziałek siedziałem na zajęciach z praktycznej nauki metod analitycznych (fakultet, który mamy razem z pierwszym rokiem) przyglądając się prezentacjom przygotowanym przez młodszych kolegów, uderzyło mnie, jak wielu z nich nie ma pojęcia, jak taką prezentację przygotować. Zresztą, co tam pierwszy rok, wielu naszych kolegów ma ten sam problem. Nie mówię tu o samym prowadzeniu wykładu (sam mówię zdecydowanie za szybko i niekiedy gubię się w tym co mówię), ale o takich opracowaniu slajdów, by sam ich widok przyciągał uwagę słuchacza. Słusznie to zauważyła współautorka bloga, na widok kolejnej ściany tekstu serwowanej nam przez dwie panie mówiąc "nic się po naszej prezentacji nie nauczyli".

Właśnie, ściana tekstu, to pierwsza rzecz, którą chciałbym tu omówić. Wynika z lenistwa (najczęściej), głupoty (niewiele rzadziej) i nieumiejętności "wczucia się" w rolę słuchacza. Polega na wklejeniu (na ogół bezpośrednio z wikipedii, lub co gorsza z Google Translatora) dość długiego tekstu, na ogół czcionką rozmiaru 10, żeby więcej się zmieściło i żeby co bardziej dociekliwy widz nie zauważył błędów językowych, przecinków w niewłaściwych miejscach lub, w niektórych przypadkach, dość widowiskowego orta*. Dodajmy do tego czytanie całego tekstu monotonnym, niezbyt wyraźnym głosem i już mamy przepis na to, żeby pół sali usnęło, a drugie rzucało wszetecznicami przy każdej zmianie slajdu.
Zresztą, różnica między czymś takim (tak, Google Translator):
 Aktynina jest białkiem mikrowłókien. α-aktynina jest niezbędne do zamocowania włókien aktyny do Z-linie w komórkach mięśni szkieletowych, a także do gęstych organów w komórkach mięśni gładkich.Funkcjonalne białko przeciwrównolegle dimer, które sieciujących cienkich włókien w przylegających sarkomerów, i w związku z tym między skoordynowane skurcze sarkomerów w osi poziomej.

Non-α-actinins sarkomeru (ACTN1 i ACTN4) są powszechnie wyrażane. Oba końce w kształcie pręta α-aktyny aktynina dimeru zawierają domeny wiążące.

Mutacje w ACTN4 może powodować choroby nerek ogniskowej segmentowe stwardnienie kłębuszków nerkowych.

A czymś takim:

Slajd pochodzi z przygotowanej przez nas w zeszłym roku prezentacji "Doping genowy - czy nadchodzi era genogladiatorów?"

Jeśli ktoś jest wybitnie ścisłym umysłem, to podobno idealna proporcja tekstu na slajdzie to 6 linijek, po 6 słów w każdej. Kominek w szczecińskim seminarium dla blogerów, w którym miałem okazję uczestniczyć, podał też proporcję "jeden obrazek na 2000 znaków", choć moim zdaniem w prezentacjach obrazków powinno być nawet więcej (ideałem byłaby prezentacja bez tekstu, ale przyjmijmy, że jesteśmy leniwi).

A skoro już o obrazkach mowa:
Oprawa graficzna to bardzo ważny element prezentacji. Dobrze dobrana, ułatwia "sprzedanie" tematu słuchaczom, a im samym zapamiętanie tego, co przekazujemy. Ilustracje "rozbijają" ścianę tekstu na bardziej strawne fragmenty (jak wiadomo, pamięć krótkotrwała zapamiętuje od 2 do 7 porcji informacji jednocześnie - stąd też być może proporcja "6 na 6") Obrazki mogą pełnić trzy zasadnicze funkcje:
  • Skojarzeniową - taką właśnie pełni w przedstawionym wyżej slajdzie ów biegnący człowieczek, ułatwia on wzrokowe zapamiętanie slajdu o aktyninie. Jeśli prezentację przygotowujemy w grupach, warto urządzić burzę mózgów na temat "co nam się kojarzy z danym tematem" i na tej podstawie dobierać ilustracje.
  • Informacyjną - czyli wszelkie wykresy, tabele i schematy (na slajdzie o aktyninie mamy np. schemat tworzenia się różnych wariantów białka). Jeśli chcemy opisać jakiś proces, warto sprawdzić, czy w internecie nie ma jego schematu - zaoszczędzimy czas i unikniemy pokusy zbudowania kolejnej ściany tekstu.
  
Schemat reakcji far-western blot, który wykorzystaliśmy w naszej ostatniej prezentacji.

  • Humorystyczny wstęp/przerywnik - przoduje w tym wspomniany w poprzedniej notce Hiszpan, który na początku każdej prezentacji zamieszcza jakiś związany z tematem żart lub komiks. 
  
Podobną funkcję pełnią też zdjęcia kotów lub innych zwierząt** umieszczane na końcu prezentacji.

Jeśli ktoś w czasie przygotowywania prezentacji nudzi się wybitnie, może pobawić się w tworzenie spójnej szaty graficznej dla całej prezentacji. Nam zdarzyło się to może dwa razy, przy Erze Genogladiatorów (naprzemiennie slajdy w czarnej i białej kolorystyce, dużo obrazków w stylu tego biegnącego człowieka) i na prezentacji z enzymologii, bodajże o wirusowych genach w ludzkim DNA, która była czarna, a na wszystkich obrazkach przewijał się motyw puzzli. Ostatnimi czasy odeszliśmy zresztą od ciemnych kolorów, bloty np. były żółtopomarańczowe.

Wiem co mówię... albo i nie.
Jedna z grup prezentujących na poniedziałkowym wykładzie miała dość wyboistą drogę - jeden z jej członków tak zamotał się w tym co mówił, że w końcu jego koleżanka nie wytrzymała, przerwała mu i dokończyła omawianie slajdu za niego. Zdecydowanie, warto jest przeczytać prezentację przed zaprezentowaniem, choćbyśmy nawet zamierzali pójść na łatwiznę i czytać ze slajdów. Pewnego dnia może się przecież znaleźć ktoś, kto będzie miał jakieś pytania. Skrajny przypadek widziałem, będąc na pierwszym roku (kiedy też nie umiałem robić prezentacji) - kolega, który był z nami w grupie dał nam telefon, który następnie wyłączył na jakiś tydzień, z zajęć też zniknął, a kiedy postawiliśmy już na nim krzyżyk, pojawił się nagle na zajęciach, na których mieliśmy przedstawić prezentację. Kazaliśmy mu czytać, szło mu, delikatnie mówiąc, nie najlepiej. Swoją drogą, kolega wkrótce zniknął definitywnie.

Wyprawiając się do źródeł, uważaj, aby nie zbłądzić w stronę Bullshit Mountains
Przykład z zeszłego roku: dwie koleżanki przygotowały prezentację na temat klonowania. Do pewnego momentu szło dobrze, bez szału ale i bez jakichś widowiskowych wtop. Prezentacja miała się ku końcowi, gdy koleżanki uznały za stosowne wspomnieć o Raelianach finansujących Clonaid. I to nie w kontekście, powiedzmy, rozrywkowym, ale z pełną powagą, łącznie z tym, że podobno już kogoś tam sklonowali.





Wracając na Ziemię: prezentacja to nie notka na blogu, w której, znów cytując Kominka, subiektywizm jest nawet wskazany (opinie, nie fakty, fakty to można na portalu z newsami zobaczyć). Warto poszukać informacji w kilku źródłach (uwaga - naukowych, nie pseudonaukowych). Wspomniane koleżanki wkrótce po rewelacjach o kosmitach przygotowały prezentację o etyce w biotechnologii, którą prowadzący zajęcia określił później jako "45 minut nauki Kościoła" (osobiście uwzględniłbym to, ale ze stanowiskami innych religii, jak również świeckimi). Inny przykład to prezentacja o GMO przygotowywana przez pierwszy rok, po której wiele sobie obiecywałem, niestety sprowadziła się ona głównie do zachwytów nad prof. Seralinim - bez pokazania stanowiska drugiej strony, choć zapewne nie ze względu na brak źródeł. Bardzo brakowało mi też wtedy czasu na dyskusję (moim zdaniem zadawanie prezentacji bez późniejszej dyskusji nad nimi nie ma większego sensu).

Podsumowanie:
Aby przygotować dobrą prezentację, nie wystarczy wkleić na slajdy tekstu z wikipedii/abstraktu losowej pracy którą znajdziemy na PubMedzie. Warto poświęcić trochę czasu, może nawet niekoniecznie żeby zainteresować kogoś tematem, ale żeby przede wszystkim nie zanudzić go na śmierć.
Ja również mam nadzieję, że nie zanudziłem was wszystkich.



*Autor zna ludzi, którzy po 3 latach studiowania konsekwentnie piszą "biohemia".
** W rzadkich przypadkach własnych dzieci.

poniedziałek, 14 stycznia 2013

EBM - czyli medyczna spychologia.

Evidence - Based Medicine - taki górnolotny tytuł miała konferencja, której słuchaczami (bo na dyskusję jako taką zabrakło czasu) mieliśmy okazję być w poprzednim miesiącu.
Zaproszeni goście i mówcy byli ludźmi skutecznie publikującymi już od studenckich lat (tak przynajmniej mi się wydawało) i w dobrej wierze starali się nam przekazać w ciągu swoich 45 - 90 minut wykładów całą istotę przygotowania i wykonania badań, od statystycznego ich opracowania do ostatecznego zamieszczenia w czasopiśmie o wysokim Impact Factor :)
Tak więc z pierwszych prezentacji padło wiele mądrych rad, wiele cennych wskazówek jak czytać prace przeglądowe, czy jak skracać tematy, bo w końcu te największe miały tematy zwięzłe - jako przykład powołano się nawet na Marię S-C czy Kopernika. Ogólnie wniosek z tego był taki, żeby całej pracy w tytule nie zawierać. Amen.
Z kolei pan statystyk rozpoczął swój wykład niefortunnym, jeśli o nas chodzi, zdaniem, które parafrazując brzmiało, że nie musimy wiedzieć jak program statystyczny działa, tylko mamy wiedzieć co my od tego programu chcemy.
Zaprzecza to naukom Hiszpana (naszego wykładowcy od pierwszego roku studiów, z którym przebrnęliśmy przez Matematykę ze statystyką, Bioinformatykę i teraz brniemy przez Biostatystykę), który od początku naszej znajomości z nim i platformą R wpaja nam, że przede wszystkim mamy zrozumieć podstawy programu, żeby ewentualnie móc potem z niego świadomie korzystać. Ile osób u nas na roku spełni ten warunek? Może statystyka Bayesa mogłaby nam na to odpowiedzieć.
Ostatecznie konkluzją jak zwykle była Gloria w kierunku P (p-value, Pi czy jak kto tam to nazywa) i na tym referat się zakończył, a wyzuci z wszelkich uczuć i przemyśleń po 90 minutach statystyki studenci innych kierunków wyszli na przerwę kawowo-muffinkową :D
No i ostatni wykład, o którym krótko wspomnę, o sensie prowadzenia badań naukowych - oczywiście nie wszystkich - ale sporą część pewnie można by było do tego podciągnąć. Bo tak naprawdę z wszystkiego da się wyciągnąć p-value (mniejsze lub większe) ale pytanie - czy zawsze jest sens? Bo dla kogo są prowadzone badania nad ryzykiem zachorowania w piątek 13-go?
A z drugiej strony - nikt nie prowadził nigdy badań nad tym, czy spadochron wpływa na przeżywalność wśród skoczków. A mimo to, nikt nie zaprzeczy że p-value będzie tu spore. Tylko jak do takich badań dobrać grupę kontrolną? Może z samych badaczy?
Ogólnie cały sens tego w tym, żeby nasze badania komuś się potem przydały. Żeby wniosły coś do diagnostyki, leczenia czy choćby do dalszych badań. I myślę, tu też o eksperymentach, które pokazują, że nie tędy droga...
Bo potem jacyś lekarze, diagnozując na podstawie objawów czy wyników laboratoryjnych i molekularnych, powiedzą, że w takiej publikacji, o tym i o tym, ktoś badania robił, że to będzie świadczyło o tej i o tej chorobie. Nie nasza wina, że źle zdiagnozowaliśmy. Odpowiedzialność badań naukowych jest spora, i mimo, że nie zwalnia nikogo potem z myślenia, warto o tym pamiętać robiąc wszelkie publikacje.

To tyle, a teraz lecę bo zgłosiłam się dziś na badania umiejętności odróżniania brandy od whisky. 
Ciao!

środa, 9 stycznia 2013

Behind the scenes

Oto potęga social media: dowiedzieć się o istnieniu tagu #OverlyhonestMethods na twitterze z facebooka, aby następnie opisać go na blogu, założonym na platformie należącej do Google. Dla nietweetujących wyjaśnię pokrótce, że wszelkie tweety opatrzone wspomnianą etykietką można wygodnie przeglądać w jednym miejscu (idea starsza niż internet). Ciekawa jest natomiast idea owego taga: dzielenie się przez naukowców rozmaitymi dziwnymi, zabawnymi oraz niekonwencjonalnymi metodami pracy. Oto kilka przykładów:

Inkubacja trwała 3 dni, ponieważ dopiero wtedy doktorant przypomniał sobie o eksperymencie.
 pH buforu B było ustalone za pomocą HCl... potem za pomocą NaOH... a potem znów za pomocą HCl
(to akurat zdarzyło mi się w Warszawie - skończyło się na tym, że bufor prawie nie mieścił się w zlewce, a pH nijak nie chciało osiągnąć zamierzonego poziomu)
Próbki krwi zostały zwirowane przy 1500 rpm, gdyż wirówka wydaje straszne odgłosy przy wyższych prędkościach.
(w sumie należę do paranoików, którzy po włączeniu wirówki odsuwają się na teoretycznie bezpieczną odległość)
Nie podpisałem probówek, ale sądząc po wynikach, ta musi być próbą kontrolną.
 Użyliśmy Bayesian latent variable multilevel regression, bo w tym czasopiśmie publikują tylko badania wykonane za pomocą nowych, fajnych metod.
Nie podejmuję się przetłumaczenia tej nazwy, nie tylko dlatego, że jutro mam zaliczenie z Bayesa.
Sprawdziliśmy teorię na magistrantach, bo są tani i łatwo dostępni.
W przeciwieństwie do myszy, sami przychodzą do zakładu?
Użyliśmy tej metody statystycznej, bo miała najmniej greckich liter.
Zmieniliśmy technikę, bo darmowy kod działa tylko pod Linuxem, a my chcemy zachować zdrowie psychiczne.
Akurat dla nas już za późno...
Próbki były przechowywane w -80 stopniach, zamiast, jak mówi protokół, w -60, bo nikt nie umiał zmienić ustawień zamrażarki.
 Próbki sortował ekspert (student-wolontariusz, który w życiu tego nie robił)
To samo napiszą o tym...

Maszyna do PCR się zepsuła, więc użyliśmy starszej metody: blendera i stopera.
Kary Mullis style! 
Użyliśmy tej linii komórkowej, bo akurat leżała w lodówce.
Dopisaliśmy jako współautora pracy technika z laboratorium, bez którego pierwszy autor do dzisiaj nie wiedziałby, jak obliczyć stężenie molowe.
Eksperyment był powtarzany ręcznie co 6 godzin, ponieważ doktoranci są tańsi niż zautomatyzowany sprzęt.
W sumie, poza podobnymi do wyżej opisanych, nie przypominam sobie wielu historii tego typu, chociaż, na przykład, w zeszłym roku przeprowadziliśmy szkiełko przez szereg alkoholowy w kolejności stężeń 90%, 80%, 100% przez połowę czasu ("- spoko, nikt nie widział... - a jak to wyjdzie? - to włóżmy do setki na chwilę"), a będąc w Warszawie dowiodłem eksperymentalnie, że falkony 50 ml nie najlepiej znoszą autoklawowanie, gdy są zakręcone na maksa (w sumie próbka była mała, wynosiła 1 falkon, ale rezultaty są zapewne powtarzalne).