piątek, 24 sierpnia 2012

Nowoczesność w labie i zagrodzie

Obecni pracownicy laboratoriów na całym świecie są w znacznie lepszej sytuacji niż jeszcze kilkanaście lat temu. Żyjąc w epoce różnego rodzaju kitów, gotowych zestawów i maszyn wykonujących za nich najcięższą robotę nieporównanie precyzyjniej i z mniejszym ryzykiem kontaminacji* oddalili się od pionierskich czasów nauki, kiedy rozmaici zapaleńcy pragnąc osiągnąć zadowalające rezultaty sami, z inwencją godną McGyvera, opracowywali podstawy metod badawczych, z których, po licznych modyfikacjach korzystamy do dzisiaj (wystarczy wspomnieć choćby o Karym Mullisie, który pierwszy PCR wykonał ręcznie regulując temperaturę namnażanej próbki).

Pomimo wkraczającej wielkimi krokami w laboratoryjny świat nowoczesności, która być może już wkrótce pozwoli wykonywać podstawowe badania DNA za pomocą tanich i ogólnodostępnych testów paskowych, jak to ma już miejsce choćby w analityce medycznej, wiele laboratoriów nadal stosuje rozmaite substancje, o których postronnym (to jest takim, którzy zgodnie ze słynną maksymą Arthura C. Clarke'a nie odróżniają wysoko rozwiniętej technologii od magii) obserwatorom nawet nie przyszło by pomyśleć, by wykorzystać je w sposób w jaki są wykorzystywane. Oto kilka przykładów:

Lakier do paznokci: w niektórych protokołach (kolejny znak nowych czasów: dostarczane przez producenta protokoły, które teoretycznie mówią, jak najefektywniej wykonać daną reakcję, a w praktyce działają po kilku drobnych modyfikacjach) reakcji immunohistochemicznych i ogólnie w przygotowaniu próbek do obrazowania mikroskopowego jest wykorzystywany do zamykania preparatów.

Odtłuszczone mleko w proszku: pomimo dostępności na rynku wielu substancji pozwalających na zablokowanie niespecyficznego wiązania przeciwciał w reakcji Western blot, najlepszą podobno opcją jest 10% roztwór mleka w proszku w TBST. Z kolei 5% roztwór jest podawany razem z I i II-rzędowym przeciwciałem.

Szampon do włosów: izolacja DNA już od dawna jest wykonywana przy pomocy przygotowanych przez firmy biotechnologiczne zestawów. Spotkałem się jednak z metodą izolacji DNA za pomocą szamponu do włosów (lub innego detergentu, jednak podobno najlepsze wyniki uzyskuje się, stosując szampon przeciwłupieżowy dość znanej firmy) oraz soli kuchennej. W sumie jednak, na ile się orientuję, nie jest to metoda stosowana powszechnie, więc o ile nie prowadzicie akurat nielegalnych badań nad klonowaniem w piwnicy, lub też wasze życie nie zależy od szybkiego określenia czyichś mutacji w genie BRCA1 na środku Sahary, raczej się z nią nie spotkacie.

Plastikowe tacki: da się z nich podobno zbudować całkiem sprawne urządzenie do elektroforezy (źródło w tym wypadku jest to samo co w wypadku szamponu do włosów). Wiele osób stosuje je jednak w znacznie bardziej prozaicznym celu, jako podstawki pod szkiełka mikroskopowe (które kosztują podobno dość dużo jak na kawałek plastiku, w sumie całkiem podobny do opisywanej przeze mnie tacki).

Rozmaite szklane opakowania: słoiki, butelki itp. mają w sumie najbardziej prozaiczne zastosowanie: w świecie, gdzie naczyń wszelkich rodzajów nigdy nie jest za dużo pełnią różne funkcje, od przechowywania eppendorfów po przenoszenie w nich materiału pobranego w trakcie biopsji śródoperacyjnych (choć w tym wypadku dużą rolę odgrywa średnica słoika - niekiedy patomorfolodzy narzekają na trudności z wyjęciem materiału z takiego prowizorycznego opakowania). Za czasów poprzedniego ustroju, gdy plastikowa butelka do hodowli była rzadkością, hodowle komórkowe prowadzono ponoć w płaskich butelkach po alkoholach** (podobnych, jak przypuszczam, do butelek po Becherovce). Podobno komórki czuły się w nich bardzo dobrze.

I tak dotarliśmy do końca naszego krótkiego przeglądu, który pokazuje, że pomimo coraz większej automatyzacji pracy w laboratorium, nadal wiele rzeczy można wykonać, mając pod ręką tylko przedmioty codziennego użytku. I tak będzie pewnie przynajmniej do czasu, gdy coraz doskonalsze maszyny całkowicie zastąpią ludzi przy laboratoryjnych blatach. Co, mam nadzieję, nastąpi jak najpóźniej.

*choć maszyny, podobnie jak ludzie, mają swoje własne pomysły. Przykładowo biorobot, którego używałem kiedyś na praktykach izolował wprawdzie 96 próbek DNA w czasie ok. 3 godzin, jednak codziennie zacinał się przynajmniej raz, a niepokoić należało się, gdy się nie zaciął. And it wasn't a bug, it was a feature.
** Butelki oczywiście wcześniej myto, jednak niedawno, przy zupełnie innej okazji, usłyszałem, że hodowle komórkowe rosną dobrze w obecności alkoholu, zdychają jednak, gdy alkohol usunąć. Kac morderca kontratakuje.

czwartek, 23 sierpnia 2012

Euraxess - okno na świat

Strona główna (odnośnik dostępny również w przydatnych linkach)

Jako biotechnolodzy nieraz zastanawialiśmy się nad możliwościami podjęcia pracy za granicą, jednak naszym głównym problemem był brak jakiegokolwiek "punktu zaczepienia". Lukę tę wypełnia projekt Komisji Europejskiej oraz European Union's Framework Programme for Research, nazywany Euraxess.

Strona projektu dzieli się na cztery główne działy, każdy odpowiadający innej inicjatywie, mającej wspomagać naukowców:

Jobs: jest to aktualizowana na bieżąco wyszukiwarka ofert pracy w laboratoriach, instytutach naukowych i przy rozmaitych projektach badawczych. Oprócz tego firmy mogą same wyszukać odpowiadającego ich kryteriom naukowca, który umieścił w portalu swoje CV.

Services: jest to szczególnie przydatna część projektu Euraxess: sieć ponad dwustu centrów w 40 krajach Europy, które pomagają naukowcom, a także ich rodzinie, przenieść się do nowego kraju w którym chcą oni podjąć pracę, i załatwić wszystkie związane z tym formalności, takie jak zakwaterowanie, wizy, opieka medyczna czy nauka języka.

Rights: pozwala zapoznać się ze wszystkimi informacjami dotyczącymi Europejskiej Karty Naukowca i Kodeksu Postępowania przy rekrutacji pracowników naukowych, informuje o prawach i obowiązkach badaczy oraz metodach pozyskiwania funduszy na badania.

Links: ta część jest tworzona przez europejskich naukowców pracujących poza Europą. Pozwala znaleźć informacje na temat badań prowadzonych w Europie, możliwościach kariery, czy współpracy międzynarodowej. Links działa również w Stanach Zjednoczonych, Chinach, Indiach, Japonii i Singapurze.

niedziela, 12 sierpnia 2012

Allen Brain Atlas

http://www.brain-map.org/

A growing collection of online public resources integrating extensive gene expression and neuroanatomical data, complete with a novel suite of search and viewing tools. 

Podczas prowadzenia badań z zakresu neurobiologii znajomość anatomii mózgu nieraz okazuje się przydatna. Tradycyjne, książkowe atlasy nie zawsze dają nam pełne wyobrażenie o tym jak dana struktura wygląda in vivo, o takich detalach jak dokładne miejsca ekspresji poszukiwanych przez nas białek nie wspominając. Sprzężony z bazą Allen Brain Atlas program Brain Explorer 2 (do pobrania tutaj) to użyteczne narzędzie, pokazujące trójwymiarową strukturę mózgu ludzkiego, mysiego (do wyboru mamy również developing mouse brain), naczelnych etc. Poszczególne części można podświetlić wybranym kolorem, obejrzeć je w dowolnym rzucie, a także, poprzez wbudowaną wyszukiwarkę zobaczyć miejsca ekspresji genów kodujących poszczególne białka.